Gimnazijo je obiskoval v Novem mestu, kjer je maturiral leta 1919. Nato je v Ljubljani (1919–1921) pričel študirati biologijo. Študij je nadaljeval na Dunaju, kjer je kot raziskovalec sodeloval z zoološkem inštitutom in leta 1925 na dunajski Filozofski fakulteti doktoriral. V svoji disertaciji je obravnaval partenogenezo, poseben način razmnoževanja z jajčeci brez oploditve. Ko je opravil profesorski izpit, je nekaj časa poučeval na gimnaziji v Ptuju (1927–1930), od leta 1930 pa je bil na Medicinski fakulteti v Ljubljani asistent za histologijo in embriologijo. Hkrati se je v Ljubljani (1930–1932) vpisal na študij medicine, ga nadaljeval v Zagrebu (1932–1934) in zaključil leta 1936 v avstrijskem Gradcu.
Leta 1937 je postal docent za histologijo in embriologijo na ljubljanski Medicinski fakulteti, leta 1945 njen izredni, leta 1965 pa redni profesor. Med letoma 1955 in 1957 je bil dekan ljubljanske Medicinske fakultete. Na fakulteti je od leta 1941 do upokojitve leta 1973 organiziral in vodil biološki inštitut. Zasnoval in predaval je predmet Humana genetika, v Slovenskem zdravniškem društvu pa je bil soustanovitelj sekcije za humano genetiko. Bil je tudi prvi direktor Inštituta za biologijo (1961–1966) v Ljubljani, študentom biologije pa je predaval primerjalno anatomijo vretenčarjev in splošno zoologijo.
Preučeval je partenogenezo paličnjakov, neotenijo in metamorfozo pri dvoživkah ter nazadnje vpliv sevanja pri čebelah. Izsledke svojega dela je objavljal v strokovnih in znanstvenih publikacijah. Bil je tudi strokovni prevajalec in pisec poglavij v strokovnih knjigah (Molekularna biologija, 1972). Poleg tega je bil konzulent za biologijo pri Slovarju slovenskega knjižnega jezika in urednik za naravoslovno področje pri Medicinskem terminološkem slovarju.
Ves čas je bil aktiven član Prirodoslovnega društva Slovenije, bil med drugim njegov predsednik (1955–1957) ter od leta 1968 častni član. Dosežke bioloških znanosti je širšemu krogu bralcev posredoval s številnimi poljudnoznanstvenimi prispevki, ki jih je objavljal zlasti v reviji Proteus, in bil član uredniškega odbora Proteusa vse do svoje smrti.
V Novem mestu je bil Hubert Pehani sošolec bodočega zdravnika, pisatelja in dramatika Slavka Gruma, s katerim sta skupaj stanovala tudi kot študenta na Dunaju. Tako je bil Pehani prvi bralec Grumovih dunajskih spisov. Njegov brat Pavel Pehani je bil univerzitetni predavatelj in ginekolog. Njun oče Frederik Pehani je bil v Trebnjem posestnik in nadučitelj.
Janševa nagrada
Jesenkovo priznanje
Red dela z zlatim vencem
zaslužen profesor Univerze v Ljubljani, 1989
Enciklopedija Slovenije: zv. 8: Nos-Pli. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1994, str. 295.
Medved, A. S [i.e. V] spomin dr. Pehaniju. Dolenjski list, 19. 3. 1995, let. 46, št. 11, str. 16.
Pipan, N. Hubert Pehani 1900–1994. V: Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani 1919 – 1945: zgodovinski zbornik, 2003, 219–221.
Pipan, N. Profesorju Hubertu Pehaniju v slovo: in memoriam. Proteus: časopis za poljudno naravoslovje, april 1995, let. 57, št. 8, str. 325–326.
Univerza v Ljubljani: biografije in bibliografije univerzitetnih učiteljev in sodelavcev. Ljubljana: Univerta v Ljubljani, 1957, str. 351.
Zupanič Slavec, Z. Prva učitelja biologije in higiene na popolni Medicinski fakulteti, Hubert Pehani in Ivan Bonač. Isis: glasilo zdravniške zbornice Slovenije, 1. 5. 2010, let. 19., št. 5, str. 40–43.
