Medicino je študiral v Ljubljani, Zagrebu ter Gradcu. Zaradi vojne je študij prekinil in sodeloval v boju proti okupatorju. Diplomiral je na Medicinski fakulteti v Zagrebu (1947).
Službovati je začel leta 1948 na Rentgenološkem zavodu Kliničnih bolnic v Ljubljani, kjer je bil že konec leta imenovan za zdravnika asistenta. Hkrati je postal prvi asistent prof. dr. Josipa Hebeina (prvi profesor radiologije na Slovenskem) na Katedri za rentgenologijo Medicinske fakultete v Ljubljani. Leta 1952 je opravil specialistični izpit iz rentgenologije ter bil po predloženem habilitacijskem delu leta 1961 izvoljen v naziv docenta in leta 1967 še za izrednega profesorja. Od leta 1961 je vodil in nadziral specializacijo rentgenologije. Po uspešnem zagovoru doktorske disertacije (1973) je bil izvoljen za rednega profesorja rentgenologije (1974). Na Inštitutu za rentgenologijo je bil leta 1976 vodja Gastroenterološke diagnostike, 1979 pa je bil imenovan za strokovnega svetovalca. Bil je predsednik Sekcije za radiologijo in nuklearno medicino Slovenskega zdravniškega društva (1959–1960), sekretar (1960–1961) in predsednik (1961–1964) Združenja za radiologijo in nuklearno medicino Jugoslavije, predstojnik Inštituta za rentgenologijo Kliničnih bolnic (1961–1973), predstojnik Katedre za rentgenologijo Medicinske fakultete v Ljubljani (1961–1981), predavatelj in predstojnik Katedre za rentgenologijo ter predstojnik Oddelka za rentgenske tehnike na Višji šoli za zdravstvene delavce (1967–1980).
Izpopolnjeval se je na Švedskem in v Nemčiji ter obiskal mnoge svetovne rentgenske centre. Po njihovem zgledu je postavil temelje za nadaljnjo strokovno rast slovenske radiologije, posodobil delo in organizacijo inštituta ter študija rentgenologije. Pod njegovim vodstvom so se na Inštitutu za radiologijo odpirali novi oddelki, radiološka služba se je postopoma centralizirala in uvedli so sodobni koncept subspecializacije. Od leta 1966 je bil član medicinske komisije za izgradnjo novega Kliničnega centra in v letih 1967–1973 s sodelavci načrtoval ter vodil izgradnjo novega centralnega inštituta. Z vselitvijo v nove prostore (1973) se je končal dolgoletni proces centralizacije radiološke službe. V okviru strokovnega delovanja se je podrobneje ukvarjal z radiološko diagnostiko bolezni prsnih organov ter prebavnega trakta in zaščito pred ionizirajočim sevanjem, kjer je skupaj s sodelavci uvedel vrsto novih preiskovalnih tehnik. Napisal je preko 40 strokovno-znanstvenih članov ter sodeloval pri pripravi terminološkega slovarja Slovenske akademije znanosti in umetnosti. Zaslužen je za uvrstitev tega področja med izpitne predmete na Medicinski fakulteti. Skupaj s sodelavci je objavil prvo skripto in prvi slovenski učbenik za rentgenologijo. Bil je eden od ustanoviteljev in dolgoletni član revije Radiologia Iugoslavica (v tej reviji in reviji Acta Medica je objavil nekaj recenzij strokovnih knjig). Aktivno je deloval kot predavatelj in organizator na številnih kongresih in srečanjih doma ter v tujini.
Rentgenološka študija ožilja in cirkulacije v pljučih s posebnim ozirom na diagnostiko in diferenciacijo novotvorb, 1970
Red dela z zlatim vencem
I. Obrez: Hernja Stanko, Enciklopedija Slovenije, 4. zv., Ljubljana, 1990, str. 17.
V. Jevtič: In memoriam: prof. dr. Stanko Hernja, dr. med., 1918–2002, Zdravniški vestnik, letnik 71, št. 6 (2002), str. 393–394.
Z. Zupanič Slavec: Zgodovina radiologije in Inštituta za radiologijo Univerzitetnega centra Ljubljana (1923–2013), Ljubljana, 2014, str. 75–110.
