Njegov oče je bil učitelj Matija Tomšič, mati pa Frančiška, roj. Novak. Učitelja sta bila tudi njegova polbrata Janez in Bernard Tomšič. Najprej se je šolal pri očetu. V Celju je opravil trimesečni učiteljski tečaj ter julija 1845 pridobil spričevalo za šolski pouk, avgusta istega leta pa še spričevalo iz glasbe. Leta 1847 je opravil konzistorialni izpit.
Od jeseni 1845 je bil najprej pomočnik pri očetu v Trebnjem, po njegovi smrti leta 1850 pa je postal začasni učitelj. Leta 1856 je bil premeščen v šolo v Vipavi, leta 1857 pa v šolo v Gornjem Logatcu. Želel si je domov, kjer bi lažje skrbel za mater in neporočeni sestri ter prevzel skrb za domačo gostilno in posestvo, ki ga je podedoval po očetu. Na Dolenjsko je bil premeščen šele leta 1860, in sicer v Mirno Peč, leta 1868 pa se je odpovedal učiteljski službi. Tomšičeva domačija na današnji Rimski cesti 19 v Trebnjem je vpisana v register nepremične kulturne dediščine.
Emanuel Tomšič je bil znan kot velik narodnjak. V Trebnjem je bil nekaj časa tudi župan. Leta 1873 je bil kandidat na deželnozborskih volitvah, vendar se je kandidaturi zaradi bolezni odpovedal in zmagal je nemškutarski Karel Deschmann.
Pisal in objavljal je pesmi, zlasti v Novicah, tudi v Zgodnji Danici. Bil je predvsem spreten priložnostni pesnik. Med pesmimi sta pomembnejši sonet Korun iz leta 1848 in ep Murdoha kamen na Mulu iz leta 1849. Svoje knjige je zapustil nečaku Rudolfu Maistru, generalu in pesniku, sicer sinu sestre Franje, ki je uredil njegovo literarno zapuščino.
Hartman, B. Rudolf Maister, general in pesnik. Ljubljana: DZS, 1998, str. 12–13.
Domače stvari. Slovenski narod, 1. 7. 1881, let. 14, št. 146, str. 3.
Slovenski biografski leksikon: 4. Knj.: Táborská – Žvanut. Ljubljana: Slovenska akademija znanosti in umetnosti, 1980–1991, str. 126.