Mladost je preživljal v Dragovanji vasi v Beli krajini. Osnovno šolo je obiskoval v bližnjem Dragatušu, nižjo gimnazijo pa v Črnomlju. Med letoma 1954 in 1959 je obiskoval učiteljišče v Novem mestu. Leta 1961 se je vpisal na Filozofsko fakulteto v Ljubljani, kjer je leta 1965 diplomiral iz slovenščine, hrvaščine in srbščine.
Po končanem učiteljišču je najprej med letoma 1959 in 1962 poučeval na osnovni šoli v Dragatušu, nato pa je bil po končanem študiju slavistike in preselitvi v Ljubljano med letoma 1967 in 1987 v Ljubljani knjižni urednik pri založbi Mladinska Knjiga. Bil je v uredništvih uglednih knjižnih zbirk, na primer Naša beseda, Nova slovenska knjiga, Pota mladih in Hram. Nato je bil od leta 1987 glavni urednik pri založbi Borec, med letoma 1990 in 2002 pa glavni urednik in direktor Založbe Mladika. Pri Mladiki je zasnoval knjižne zbirke Pikapolonica, Trepetlika, Ilustrirana zgodovina Slovencev, Sila spomina, Iz roda v rod. Postal je glavni in odgovorni urednik mladinske literarne revije Kekec, ki jo je izdajala založba, in v reviji objavil okoli sto portretov slovenskih književnikov.
Uredil je več knjig o pesniku Francetu Prešernu in predstavnikih slovenske moderne. Največ knjig je uredil o belokranjskem rojaku Otonu Župančiču. Rodni Beli krajini se je med drugim poklonil z delom Mlado brezje v mesečini, kamor je uvrstil vsa Župančičeva besedila, povezana z Belo krajino, in izborom Župančičevih pesmi za mladino z naslovom Pomladna ladja. Poleg tega je veliko prispeval k promociji in osvetlitvi del drugih belokranjskih rojakov, med njimi pravnika in pisatelja Matije Malešiča, pesnika in pisatelja Vinka Beličiča in uglednega črnomaljskega meščana Antona Grahka, katerega spomine na prvo svetovno vojno je izdal v knjigi. Za njegov dolgoletni prispevek pri promociji Bele krajine v slovenski kulturi in kulturnem razvoju občine mu je občina Črnomelj leta 2000 podelila Župančičevo plaketo.
Janez Mušič je bil tudi književni prevajalec; prevajal je predvsem iz češčine, pa tudi iz slovaščine, hrvaščine in lužiške srbščine.
Dela kot urednik (izbor):
Mlado brezje v mesečini, 1976
Pomladna ladja, 1980
Oton Župančič, 1980
Nekoga moraš imeti rad, 1981 (izbor poezije Ivana Minattija)
Grlice, 1984 (izbor novel Miška Kranjca)
Pesmi, 1986
Zgodbe o Prešernu, 1989
Sodobniki o dr. Francetu Prešernu, 1989
Pesmi o mami, 1990 (antologija)
Prešeren v upodobitvah, 1993
Dragotin Kette, 1993
Oton Župančič: življenje in delo, 2007
Josip Murn Aleksandrov, 2010
Oton Župančič: ljudski umetnik, 2016
Berger, A. Moj službeni cimer: umrl je Janez Mušič. Delo, 13. 12. 2011, let. 53, št. 288, str. 16.
Janez Mušič. Kekec: literarna revija za učence od 2. do 5. razreda osnovnih šol, december 2011, let. 21, št. 4, str. 30–31.
Kramarič, J. Prof. Janez Mušič: letošnji dobitnik Župančičeve plakete Občine Črnomelj. Belokranjec, februar 2000, let. 3, št. 2, str. 10.
Moder, J. (ur.) Slovenski leksikon novejšega prevajanja. Koper: Lipa, 1985, str. 213. Zbornik Društva slovenskih književnih prevajalcev, (3).
