Milan Černigoj dokončal osnovno šolo in realko v Mariboru, kamor se je družina preselila zaradi vojne. Diplomiral je leta 1935 pri Jožetu Plečniku na Fakulteti za arhitekturo v Ljubljani. Leto za tem se je vrnil v Maribor in se zaposlil v Devovem biroju, kjer je pred njim delal brat Jaroslav Černigoj. Leti 1945 in 1946 je preživel v koncentracijskem taborišču Flossenburg. Po vojni se je uveljavil kot samostojni projektant z izvajanjem projektov v Mariboru: bil je glavni projektant pri gradnji stadiona SD Branik, lesnoindustrijskega podjetja v Limbušu, urejanja športnega središča ob Mladinski cesti, vodnjaka v parku Leninovega trga, športnega parka na Taboru in v Ljudskem vrtu, hotela Slavija, motorne hale Tovarne železniških vozil, stanovanjskega bloka na Partizanski ulici v Mariboru in glavne železniške postaje prav tam. V organizaciji Projekt Maribor je sodeloval 30 let, bil je tudi dolgoletni član urabnistične komisije SO Maribor. Predaval je na Visoki tehnični šoli v Mariboru.
J. Pirkovič-Kocbek: Izgradnja sodobnega Maribora: mariborska arhitektura in urbanizem med leti 1918-1976, Ljubljana 1982Primorski slovenski biografski leksikon, snopič 19, Gorica 1993, str. 533