Študiral je v Collegium Canisianum v Innsbrucku, kjer je leta 1929 doktoriral iz teologije. Leta 1927 je bil posvečen v duhovnika. Do leta 1932 je bil kaplan v Kranju, nadalje še v Trnovem pri Ljubljani. Po 2. svetovni vojni je bil obsojen in zaprt do leta 1950. Za ljubljanskega nadškofa je bil imenovan leta 1964. Bil je tudi predsednik jugoslovanske škofovske konference. Upokojil se je leta 1980, ob upokojitvi ga je Teološka fakulteta imenovala za častnega doktorja. Jožef Pogačnik je bil tudi pesnik, objavljal je v reviji Mentor, Dom in svet in Mladiki.
Reinhard Johannes Sorge : pesnik-mistik, 1926
Sinje ozare, 1931
Stezice svete Cvetke : molitvenik, 1931
Misterij in etika, 1932
Praznik presvetega Rešnjega Telesa, 1934
Veliki teden, 1934
Presveti zakrament : premišljevanja o Gospodovi pričujočnosti v presvetem Rešnjem Telesu : iz spisov in govorov bl. Petra Julija Eymarda, 1935
Iz zgodovine Mohorjeve družbe, 1936
Iz zgodovine Mohorjeve družbe, 1936
Tuberkuloza grla, 1936
Avtorske pravice in vest, 1937
O potrebi zidanja nove bolnišnice, 1937
Brezbrižnost bolnih v grlu. 1940
Verouk VI, 1942
Vodilo Marijinih kongregacij, 1943
Verouk VIII, 1945
Veliki katekizem, 1959-1961
Dobro berivo, 1963
Il patriarcato di Aquileia e gli Sloveni, 1966
Pogačnik Jožef – med Beneškimi Slovenci, 1966
Malo Sveto pismo : izbor iz Stare in Nove zaveze, 1967
Lineamenti per una “Ratio institutionis sacerdotalis”, 1968
Pesmi mladih let, 1970
Jasna beseda, 1979
Enciklopedija Slovenije, Ljubljana 1995