Bila je najstarejši otrok gimnazijskega profesorja Ivana Fona in Avguste Fon, rojene Krajec. Po očetovi smrti, ko je bila stara petnajst let, je skrb zanjo in ostalo družino prevzel materin brat Otmar Krajec, ki je bil zdravnik v Ljubljani. Družina se je takrat iz Celja preselila v Ljubljano, kjer je stric prevzel tudi skrb za šolanje otrok.V Ljubljani je Emilija najprej obiskovala dekliški licej, nato pa se je vpisala na visoko šolo za farmacijo v Pragi, kjer je diplomirala in si pridobila naziv magistra farmacije.
Po vrnitvi v Ljubljano se je zaposlila v lekarni Prochazka in lekarni Leustek. Nekaj časa je službovala tudi na Jesenicah.Po odobritvi koncesije se je leta 1927 preselila na Dolenjsko, v Kostanjevico na Krki, kjer je odprla zasebno lekarno sv. Miklavža. Lekarno je vodila vse do leta 1949, ko so jo podržavili, vendar je Fonova do upokojitve ostala njena upraviteljica. Lekarna je bila sprva v mestnem središču, leta 1938 pa je zgradila novo lekarno, v kateri je imela tudi svoje stanovanje.
Govorila je več jezikov in bila izredno razgledana ter izobražena ženska za svoj čas. V Kostanjevici na Krki je bila vključena tudi v javno življenje, delovala je v okviru Meščanske skupnosti, vodila Planinsko društvo, med vojno pa se je vključila v NOB in zalagala partizane s sanitetnim materialom. Emilija Fon je širši javnosti poznana tudi kot dopisovalka arhitekta Jožeta Plečnika, s katerim sta si v pismih vrsto let izkazovala naklonjenost. Na njeno pobudo je Plečnik za Kostanjevico na Krki izdelal vrsto projektov, med drugim njen družinski grob in načrt za stavbo njene lekarne.
Fonova je bila pranečakinja in dedinja novomeškega tiskarja Janeza Krajca, katerega knjižno in rokopisno zapuščino je posredovala novomeški knjižnici.
Štrukelj, E. P.: Emilija Fon, lekarnarica iz Kostanjevice na Krki, in njena povezanost z arhitektom Jožetom Plečnikom. Vekov tek: Kostanjevica na Krki 1252– 2002, 2003, str. 627–634.
Kambič, M.: Rokopisna zapuščina Janeza Krajca v Knjižnici Mirana Jarca Novo mesto in osvetlitev biografskih podatkov njegovih sorodnikov. Janez Krajec, novomeški mojster črne umetnosti, 2015, str. 63–73.
Pisma Jožeta Plečnika Emiliji Fon: prijateljstvo je najvišja oblika ljubezni: Emilija Fon v osnutku pisma Jožetu Plečniku, oktobra 1935. 1. natis. Ljubljana: Rokus, 2002.