Rojen je bil v kmečki družini Ignacu Vučerju in Emi, rojeni Žnidaršič. Osnovno šolo je obiskoval v domačem kraju, nato pa med letoma 1884 in 1892 klasično gimnazijo v Ljubljani.
Ker po maturi zaradi preprostega porekla ni bil sprejet v avstrijsko mornariško vojno akademijo, je oktobra 1892 vstopil v vojno mornarico v Pulju. Leta 1898 je opravil izpit za mornariškega častnika, leta 1900 je opravil torpedni, leta 1904 potapljaški in leta 1912 artilerijski tečaj. Do leta 1918 je služil v avstrijski mornarici, kjer je bil med drugim od leta 1914 kapetan korvete, od leta 1918 pa kapetan fregate. Ob prevratu leta 1918 je vstopil v mornarico Kraljevine SHS. Ko so Istro zasedli Italijani, se je vključil v organiziranje jugoslovanske mornarice, kjer je kasneje opravljal operativno-poveljniške dolžnosti v Boki Kotorski in Kraljevici. Med letoma 1919 in 1923 je bil komandant pomorskega arzenala v Tivtu, do leta 1926 komandant III. pomorske obalne komande, do leta 1931 pa komandant I. pomorske obalne komande. Leta 1921 je postal kapetan vojne ladje, leta 1930 pa kontraadmiral.
Upokojil se je leta 1931 in se kmalu zatem vrnil v rodni kraj. Živel je tudi v Zagrebu. Med drugo svetovno vojno je sodeloval z narodnoosvobodilnim gibanjem. Njegov dom v Drči pri Šentjerneju je pogosto dajal zavetišče partizanom, vanj so se stekali razni obveščevalni podatki, zlasti štaba Gubčeve brigade.
Ljubiteljsko se je veliko ukvarjal s slikarstvom.
Njegova hči Vera se je poročila z generalpodpolkovnikom Karlom Levičnikom. Njegov vnuk je bil gospodarstvenik Jurij Levičnik, ustanovitelj in dolgoletni direktor tovarne IMV v Novem mestu.
red belega orla V, 1922
red sv. Save III. stopnje, 1925
red jugoslovanske krone IV. stopnje, 1930
Admiral Franjo Vučer. Dolenjski list, 1. 6. 1956, let. 7. št. 22, let. 3.
Enciklopedija Slovenije: zv. 14: U-We. Ljubljana: Mladinska knjiga, 2000, str. 399.
Slovenski biografski leksikon: 4. Knj.: Táborská – Žvanut. Ljubljana: Slovenska akademija znanosti in umetnosti, 1980–1991, str. 639.
Veterani Ratne mornarice: Admirali mornarice Kraljevine Srba, Hrvata i Slovenaca / Kraljevine Jugoslavije. (citirano 8. januarja 2025). Dostopno na naslovu: https://veteraniratnemornarice.com/admirali-mornarice-kraljevine-srba-hrvata-i-slovenaca-kraljevine-jugoslavije/
Vojaštvo: Pozabljeni trije dolenjski generali Vojske kraljevine Jugoslavije. (citirano 8. januarja 2025). Dostopno na naslovu: http://freeweb.t-2.net/Vojastvo/Z11-pozabljeni.html
