Rodil se je v kmečki družini očetu Martinu in mami Katarini, rojeni Sok. Osnovno šolo je obiskoval v Gorišnici in na Ptuju, nato gimnazijo na Ptuju (1873–1877) in v Mariboru (1877–1881). Po končani gimnaziji je študiral bogoslovje v Mariboru (1881–1883) ter kasneje v Gradcu (1883–1885), kjer je bil leta 1885 posvečen v duhovnika.
Kot kaplan je med letoma 1885 in 1890 deloval v Avstriji blizu slovenske meje, in sicer najprej dve leti v Hatzendorfu pri Fehringu, nato dve leti v Gomilici (Gamlitz), zatem eno leto v Lučanah (Leutschach) in na koncu še v Radgoni. Od leta 1890 do upokojitve leta 1900 je deloval kot duhovnik pri Sv. Duhu na Ostrem Vrhu. Po končanem duhovniškem delu je v Mariboru prevzel uredništvo Vošnjakovega mariborskega poltednika Südsteirische Post, ga izboljšal in preimenoval v Südsteirische Presse, a mu je leta 1906 Katoliško tiskovno društvo odreklo podporo pri izdaji. Zatem je prestopil v mariborsko škofijo ter postal župnijski upravitelj in kasneje duhovnik pri Sv. Roku ob Sotli. Ker pa je leta 1913 oglušel, se je dokončno upokojil in se istega leta preselil v Pragersko. Leta 1934 je imel v Mariboru zlato mašo.
Že kot bogoslovec se je posvečal pisanju. Pisal je v slovenskem, nemškem in latinskem jeziku. Napisal je celo vrsto del z nabožno vsebino, med njegovo literarno zapuščino pa najdemo tudi posvetna besedila. Je avtor dveh priročnikov za cerkveno upravljanje, številnih molitvenikov, pridig in križevih potov. Večkrat je obiskal Sveto deželo in o njej tudi pisal, zato mu je Cerkev podelila častni naslov vitez božjega groba. Objavil je več povesti, knjižnih poročil in leposlovnih prispevkov. Veliko je tudi prevajal, med drugim je v nemščino prevedel Jurčičevo povest Ivan Erazem Tattenbach (1883). Dolga leta je prijateljeval s pesnikom Josipom Stritarjem in si z njim tudi dopisoval. Pomagal mu je pri izdaji njegove pesniške zbirke Strunam v slovo (1922) in pri pripravi njegovih nemških spisov. V nemščino je prevedel Stritarjev roman Zorin, sestavil podrobni Stritarjev življenjepis, analiziral vsa njegova dela od leta 1872, zbral njegovo dokumentacijo in rokopisno gradivo ter vse oddal takratni Študijski knjižnici v Mariboru. Stritar mu je posvetil svoji pesmi Domovini hvala in Prijatelju. Zanimal se je tudi za politična vprašanja, kar med drugim izpričuje njegov prevod govora Pour l’arbitrage (Za svetovno razsodišče), s katerim je ameriški industrialec prof. A. Carnegie nagovoril visokošolce.
Šegulovo zapuščino danes hrani Univerzitetna knjižnica v Mariboru.
Izbor:
Die Maiandacht eines Jerusalempilgers, 1890
Die Intercalar-Rechnung, 1892
Darium Ordinis, 1896
Gorí! Pomagajte! ali alkohol in nikotin, 1906
Šmarnice romarja jeruzalemskega, 1909
Jezus prijatelj otrok ali Pustite otročiče k meni priti!, 1912
Sv. Alojzij, zaščitnik mladine, 1912
A. Carnegie: Pour l’arbitrage (Za svetovno razsodišče), 1913 (prevajalec)
Na Kalvarijo!, 1915
Bogomila: nove molitvene bukvice za slovenska dekleta, 1915
Naš Gospod, 1915
Velika umetnost v slučaju nagle smrti obuditi popolni kes, 1916
Sveta mati Ana: molitvenik za žene in matere, 1930
Slovenski biografski leksikon: enajsti zvezek, Ljubljana, 1971, str. 601–602.
F. Pajtler: Šegulova literarna (nabožna) zapuščina, Panorama, št. 12 (27. 3. 1997), str. 9.
Sveži grobovi: Franc Šegula, Koledar družbe Sv. Mohorja, 1939, str. 83–84.

 
		