Alenka Malej je bila rojena leta 1948 v Ljubljani. Ko je imela štiri leta, so se preselili v Marezige, kjer sta starša dobila učiteljsko službo. Kasneje so živeli v Kopru, kjer je obiskovala gimnazijo, nato pa študirala na Biotehniški fakulteti v Ljubljani. Leta 1972 je diplomirala iz biologije, leta 1977 magistrirala iz oceanografije z morsko biologijo, doktorat pa uspešno zagovarjala leta 1984 na Naravoslovno-matematični fakulteti v Zagrebu.
Njeno strokovno področje je morska biologija, ukvarja se predvsem z ekologijo in biologijo želatinoznega morskega planktona. Kot dolgoletna vodja raziskovalne enote Morske biološke postaje Nacionalnega inštituta za biologijo v Piranu je koordinirala multidisciplinarno delo skupine in je nosilka številnih mednarodnih projektov s področja raziskav in monitoringa morja. Delovala je kot nacionalni koordinator za Mediterranean Action Plan v okviru United Nations Environmental Programme in bila predsednica Nacionalnega odbora Medvladne oceanografske komisije. Od leta 1985 je bila članica številnih koordinacijskih odborov za zaščito in opazovanje Jadranskega in Sredozemskega morja.
Malejeva je vodilna slovenska raziskovalka na področju morske biologije in ekologije obalnih voda. Objavila je več kot 80 strokovnih del in sodelovala na več nacionalnih ter mednarodnih raziskovalnih projektih. S kvantitativnimi metodami je razložila množični pojav meduz in v odmevnih člankih v strokovnih revijah pojasnjevala izločanje raztopljene organske snovi in njeno kopičenje v obliki sluzastih makroagregatov. Pomembna so tudi spoznanja o odzivih naravne fitoplanktonske združbe Tržaškega zaliva na različne hranilne razmere, ki jih je proučevala v okviru evropskega projekta PALOMA. Skupaj z uglednimi raziskovalci iz ZDA, Italije in Hrvaške je izdala več pomembnih monografij (Ekosystems at the land-sea margin: drainage basin to coastal sea, American Geophysical Union, Washington). Je članica številnih strokovnih združenj, med njimi New York Academy of Sciences, Marine Biological Association of United Kingdom, American Oceanographic Society, Limnology and Oceanographic Society. Organizirala je več odmevnih simpozijev, poletnih šol in delovnih srečanj, pogosto so jo v tujino vabili tudi kot predavateljico. Njena dognanja o nekaterih temeljnih načelih morske biologije zato močno vplivajo in odmevajo v podobnih raziskavah o drugih morjih, o čemer pričajo številni citati njenih del.
S svojimi številnimi mednarodnimi aktivnostmi in raziskovalnim delom je bistveno prispevala k večjemu ugledu Slovenije, ki je umeščena v sredozemski prostor kot morska država z odličnimi strokovnjaki. Za svoje delo je prejela več priznanj, med njimi nagrado Sklada Borisa Kidriča (1989), priznanje Ambasador Slovenije za raziskovalne dosežke, s katerimi se utrjuje in razvija identiteta Slovenije (2000), Prometeja znanosti za odličnost komuniciranja znanosti (2006) in veliko nagrado Miroslava Zeia, ki jo podeljuje Nacionalni inštitut za biologijo (2011).
1989 nagrada Sklada Borisa Kidriča
2000 priznanje Ambasador Slovenije za raziskovalne dosežke
2006 Prometej znanosti za odličnost komuniciranja znanosti
2011 velika nagrada Miroslava Zeia
Priznanje Ambasador RS v znanosti 2000. Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport (online). 2000. (citirano 1. 9. 2016). Dostopno na:http://www.mizs.gov.si/si/delovna_podrocja/direktorat_za_znanost/sektor_za_znanost/priznanje_ambasador_rs_v_znanosti/priznanje_ambasador_rs_v_znanosti_2000/Flander Puterle, V.:Morska ekologinja prof. dr. Alenka Malej – jubilantka. V: Annales, Series historia naturalis, 2008, let. 18, št. 1, str. 156-158.
