Srednje šole in bogoslovje je končal v Ljubljani. Eno leto je bil adjunkt v ljubljanskem duhovnem semenišču. Promoviran je bil leta 1847 na Dunaju. Nato je postal kaplan v Šmartinu pri Kranju. Po smrti prof. Urbana Jerine je Klofutar leta 1849 postal profesor na bogoslovju v Ljubljani, kar je ostal do leta 1888, ko je bil imenovan za stolnega prošta. Od leta 1869 dalje je bil kanonik, med leti 1875-1900 pa član deželnega šolskega sveta. Od leta 1876 dalje je bil tudi študijski ravnatelj na bogoslovnem učiteljišču.
Bil je odličen govornik, pridigar. Posebej dobre pridige so bile tiste, ki jih je imel od leta 1850 dalje v uršulinski cerkvi, ko se je v Ljubljani začela živahna protestantska propaganda. Kot biblicist je za svoje študente priredil uvod v knjige nove zaveze, biblično hermenevtiko, evangeljsko zgodovino in komentarje za več listov sv. Pavla in jih razmnožil. Med leti 1878-92 je napisal pet eksegetičnih del.
Svete listne bukve katoliške cerkve ali razlaga in dejanska obravnava vseh listov, ki se berejo ob nedeljah in zapovedanih praznikih celega leta, 1878
Commentarius in evangelium s. Ioannis, 1862, 1894
Commentarius in epistolam s. apostoli Pauli ad Romanos, 1880
Commentarius in evangelia s.Marci et s. Lucae, 1892
Slovenski biografski leksikon, 1. zvezek, Ljubljana 1925-32
Osebnosti, od A do L, Ljubljana 2008
