Na osnovno šolo je hodil v Olševek, na srednjo pa v Kranj.
Kot devetnajstletnik je odšel v Ameriko, kjer je postal duhovnik in doktor cerkvenega prava. Služboval je po različnih krajih v ZDA, najprej v slovenski župniji v Wyomingu, nato pa v nemški in irski župniji v zvezni državi Nebraska. Kot strokovnjak za cerkveno pravo je opravljal tudi škofovske službe. Potoval je po Sveti deželi in po južni Evropi.
Leta 1937 mu je Vatikan za zasluge podelil naslov papežev prelat.
Preučeval je življenje slovenskih izseljencev v ZDA in njihove biografije objavljal v ameriških časopisih. Nekatera njegova dela so izšla tudi v Sloveniji. Poglobljene so njegove razprave o slovenskem misijonarju F.I. Baragi, o cerkvenemu reformatorju Bernardu Smolnikarju in o cerkvenemu organizatorju Juriju Gostenčniku. Kot samostojna knjiga je izšla njegova biografija o Janezu Čebulju iz Adergasa.
Pod Jurijevim klobukom, Zbornik občine Šenčur 2006
I. L. Zaplotnik: msgr. Janez dr. Zaplotnik je umrl, Misli 1978, št. 4, str. 123