Izhajal je iz ptujske družine Winkler, ki je v mestu živela od leta 1786 dalje. Rodil se je kot eden od devetih otrok iz drugega zakona Franca Winklerja z Marijo, roj. Selinšek. Poklicno ni sledil svojim prednikom, ki so se ukvarjali s pivovarstvom, gostinstvom in trgovino, temveč se je odločil za poklic, ki takrat na Štajerskem še ni bil zelo razširjen – postal je fotograf. Ali je fotografski atelje res odprl že leta 1860, kot je kasneje zapisoval v logotipu na hrbtnih straneh svojih fotografij, ni popolnoma jasno, vsekakor pa se v arhivskih pisnih virih kot fotograf omenja leta 1866. Zaradi navedenega zaenkrat ni mogoče z gotovostjo trditi, da je bil Johan Winkler prvi ptujski fotograf, saj je na Ptuju že leta 1864 kot fotograf deloval tudi Franc Braun.
Poročil se je z Marijo Frančiško Dönau in imel z njo štiri otroke: Hansa, Gvida, Hildegarde in Josefa. Sprva je prebival kot podnajemnik pri starših v Murkovi ulici, kjer je imel tudi svoj fotografski atelje, po poroki pa se je z družino selil po različnih podnajemniških stanovanjih, dokler ni leta 1878 kupil lastne hiše v Miklošičevi ulici in si tam uredil tudi atelje.
Znan je predvsem po vizitnih portretih, fotografiral pa je tudi Ptuj z okolico, različne zgradbe in dogodke. Veliko njegovih fotografij je bilo že pred letom 1900 podlaga za izdelavo razglednic Ptuja in okolice, objavljene so bile tudi v Domu in svetu (1895–1897) in v dunajski Illustrierte Zeitung (1899). Do začetka 20. stoletja je imel monopol nad fotografskimi storitvami na Ptuju, šele takrat so mu začeli s svojimi fotografskimi storitvami konkurirati drugi fotografi.
Johan Winkler je umrl leta 1928 in je pokopan skupaj s predniki na starem ptujskem pokopališču. Njegovo fotografsko delo je po prvi svetovni vojni nadaljeval sin Gvido, ki je atelje hkrati s hišo od ostarelega očeta prevzel leta 1918. Po Gvidovi smrti leta 1937 je atelje do konca druge svetovne vojne vodila vdova Hermina, nato pa je bilo premoženje nacionalizirano.
Nekatere fotografije Johana Winklerja so v obliki negativov na steklu ohranjene v zbirki Pokrajinskega muzeja Ptuj – Ormož, fragmentarno pa tudi v drugih kulturnih ustanovah in pri posameznikih. V Zgodovinskem arhivu na Ptuju od leta 2022 vodijo projekt za digitalno rekonstrukcijo njegovega fotografskega gradiva.
Portal Kamra, digitalna zbirka Ateljejska fotografija
Portal Kamra, digitalna zbirka Trije ptujski poklicni fotografi
Zadravec, D. (2023). Digitalna rekonstrukcija izgubljenega gradiva ptujskega fotografa Johanna Winklerja, V: Arhivi kot centri informacij, 2023, str.  39–51.
Zadravec, D. (2023). Familie Winkler. V: Familiengeschichten aus Pettau, 2023, str. 499–523.
