Polajnarjeva družina se je kasneje z Visokega preselila v Križe pri Tržiču. Tam je Anton obiskoval osnovno in meščansko šolo ter se izučil ključavničarske obrti.
Konec julija 1914 je Polajnar s 3. bataljonom 97. pehotnega polka med prvimi odšel na rusko bojišče v Galicijo. Zaradi zime in težkih razmer je proti koncu leta zbolel ter moral na zdravljenje. Nekaj časa se je zdravil tudi na Dunaju, po okrevanju pa je odšel na krajši dopust.
Po vrnitvi z dopusta je bil Polajnar dodeljen v X. pohodni bataljon 97. pehotnega polka. Po vstopu Italije v vojno leta 1915 je bil polk premeščen na soško bojišče. Prvič se je v boju izkazal poleti 1915, ko se je boril pri Doberdobu. Takrat je bil odlikovan s srebrno medaljo za hrabrost 2. stopnje. Polajnar je bil iz desetnika kmalu povišan najprej v četovodjo, nato pa v narednika, orožarskega mojstra 1. razreda. Sodeloval je tudi v najhujših bojih za Šmihel in se spet odlikoval s svojo hrabrostjo, tako da je bil odlikovan z zlato medaljo za hrabrost. Oktobra 1915 je bil kot vojak X. pohodnega bataljona 17. pehotnega polka v bojih na Doberdobu odlikovan še z bronasto medaljo za hrabrost. Predlagan je bil za povišanje v višjega orožarskega mojstra, odlikovan pa je bil tudi s Karlovim četnim križcem.
Polajnar je verjetno izkoristil možnost, ki jo je habsburški cesar Karl odlikovancem z zlato medaljo za hrabrost naklonil s cesarskim odlokom julija 1917, po katerem so se lahko umaknili z bojišča v zaledje. Po razpadu habsburške monarhije je ostal v vojaški službi: sprva je deloval kot državni orožarski mojster – puškar v Mariboru in Zagrebu, nato pa je bil do leta 1941 zaposlen v bojnem skladišču v topniški vojašnici v Ljubljani. Poleti 1942 se je upokojil.
Med drugo svetovno vojno je bil interniran v taborišču na Rabu. Po italijanski kapitulaciji se je vrnil domov na Visoko, kjer je tudi umrl.
Steiner, J. C. Heldenwerk 1914–1918: die Träger der Goldenen Tapferkeitsmedaille und der Goldenen Tapferkeitsmedaille für Offiziere im Ersten Weltkrieg. Wien; Frankfurt; Znaim: Institut für Auszeichnungswesen und Uniformkunde, 2010.
Stergar R. Slovenci in vojska, 1867-1914: slovenski odnos do vojaških vprašanj od uvedbe dualizma do začetka 1. svetovne vojne. Ljubljana: Oddelek za zgodovino Filozofske fakultete, 2004.
Poštrak, A. in Kalan, B. Njim, ki junaki so najbolji, svetinje zlate daje v dar!: Gorenjci in odlikovanja v prvi svetovni vojni. Kranj: Gorenjski muzej, 2015.
Slovenec, 14. oktober 1915, str. 4.
Slovenec, 20. december 1915, str. 1.
