Iz slavistike je diplomiral leta 1958 na Filozofski fakulteti v Ljubljani. V Zagrebu na univerzi je doktoriral leta 1963 z disertacijo o Josipu Stritarju. Od leta 1981 je v Osijeku predaval slovensko književnost in primerjalno jugoslavistiko. Ukvarjal se je predvsem s slovensko literarno zgodovino in odnosi med južnoslovanskimi književnostmi. Blizu mu je bila tudi sodobna književnost, hkrati je bil tudi kritik in publicist.
Uredil je več pomembnih izdaj Freisinger denkmaler (München 1968), Starejše slovensko slovstvo (1980), Trubar in njegovi (1984), Slovenska misel, Eseji o slovenstvu (1985), Prežihov Voranc 1893-1993. Bil je tudi član Slovenske akademije znanosti in umetnosti.
Urednik:
Freisinger Denkmaler, 1963
Starejše slovensko slovstvo, 1980
Trubar in njegovi, 1984
Slovenska misel. Eseji o slovenstvu, 1985
Prežihov Voranc, 1893-1993
Slovenačka književnost (antologija slov. književnosti v 30 knjigah), 1979-87
Dela:
Čas v besedi, 1963
Stritarjev literarni nazor, 1963
Zgodovina slovenskega slovstva (I-VIII), 1968-72
Slovensko zamejsko in zdomsko slovstvo, 1972
Jernej Kopitar, 1977
Parametri in paralele, 1978
Na križišču zgodovine, 1981
Kako so narejeni Prežihovi samorastniki, 1983
Zorin ali tragična vizija življenja, O Josipu Stritarju, 1985
Slovenska Lepa Vida ali hoja za rožo čudotvoro, 1988
Metrološki hierarhični sistem za distribucijo električnih veličin – izmenična napetost do 1 GHz na definiranih impedancah ?, 1988
Differenzen und Interferenzen, 1989
Jugoslavističke teme, 1990
Kulturni pomen Slomškovega dela, 1991
Pojem naroda v slovenskem razsvetljenstvu, 1991
Slovensko slovstvo v obdobju razsvetljenstva, 1995
Bartholomäus Kopitar als Slawist, 1995
Ponoreli kompasi: sodobnikova beležnica, 1996
Nastanek in notranja podoba Prešernovih poezij, 1998
Prevrednotenja, 2001
Martin Grum: Bibliografija Jožeta Pogačnika ob šestdesetletnici, 1993
Pogačnik Jože : umrl je akademik, Svobodna Slovenija 2002, št. 34, str. 4
D. Voglar: Jože Pogačnik : 1933-2002, Stati inu obstati : revija za vprašanja protestantizma 2011, str. 314-319
Umrl akademik Jože Pogačnik, Mladika 2002, št. 7, str. 25
