Ljudsko šolo je obiskoval na Bledu, s šolanjem pa je nadaljeval v Ljubljani. Od leta 1830 do leta 1834 je bil študent bogoslovja v Ljubljani, konec septembra 1834 pa ga je škof A. A. Wolf poslal v Avguštinej na Dunaj, kjer je leta 1937 doktoriral iz filozofije in teologije. Po končanem študiju se je leta 1937 vrnil v Ljubljano za kaplana k Sv. Petru. Od drugega polletja šolskega leta 1837/1838 do konca šolskega leta 1851/1852 je v Ljubljani predaval dogmatiko, pedagogiko in druge predmete. V šolskem letu 1846/1847 se je odprlo Alojzijevišče in Janez Zlatoust Pogačar je bil imenovan za vodjo. Na tem mestu je bil dvanajst let. Leta 1851 je bil imenovan za stolnega kanonika, leta 1864 za stolnega dekana, leta 1870 pa za stolnega prošta. Od leta 1875 dalje pa je bil ljubljanski škof. Kot škof je v bogoslovje uvedel pouk cerkvene umetnosti, uredil izpite za učitelje verouka na ljudskih in srednjih šolah ter pospeševal karitativno delo. Zavzel se je za izdajo slovensko-nemškega slovarja, katerega pripravljalno gradivo je najprej zaupal Franu Levstiku in kasneje Maksu Pleteršniku. Janez Zlatoust Pogačar velja za utemeljitelja slovenskega katoliškega časnikarstva. Leta 1848 je namreč ustanovil tednika Slovenski cerkveni list (od leta 1849 dalje Zgodnja danica, ki jo je urejeval do leta 1851) in Laibacher Kirchenzeitung, leta 1875 pa Laibacher Diöcesanblatt. Bil je tudi med ustanovitelji Slovenske matice (1864). Zelo priljubljen je bil tudi kot pridigar. Leta 1864 je izdal knjigo Pridige, ki je vsebovala dvaintrideset slovenskih cerkvenih govorov.
Pridige, 1864
Osebnosti. Ljubljana: Mladinska knjiga, 2008.
Ambrožič, M. Ljubljanski knezoškof dr. Janez Zlatoust Pogačar. Ljubjana: Inštitut za zgodovino cerkve pri Teološki fakulteti, 2003.
