Ivan Pertot se je v rodil v Ljubljani. Iz Nabrežine se je družina tja preselila v obdobju fašističnega zatiranja, med obema vojnama.
V Ljubljani je Ivan Pertot obiskoval fakulteto za arhitekturo.
Leta 1975, se je po očetovi smrti, vrnil v Nabrežino. Zanimal se je za kraško arhitekturo, predvsem pa poudarjal vsebinskost in plemenitost tradicionalne obdelave masivnega kamna. Svoje znanje o kraški arhitekturi in obdelovanju kamnin, kamnoseštva in kamnarstva je gradil z opazovanjem in beleženjem na terenu. Veliko pozornost je namenil iskanju novih pristopov za bodoče ustvarjalce. Izpostavil je potrebe po razvoju in spoštovanju kulturne dediščine pri kraški arhitekturi in pri tem poudaril likovne in vsebinske raznovrstnosti površinske obdelave in spoštovanje dimenzij raznih elementov in sestavin.
V 80. in 90. letih 20. stoletja se je Ivan Pertot posvetil poučevanju na Slovenskem deželnem zavodu za poklicno izobraževanje v Trstu. Najprej je vodil tečaje za mizarje, učil tehnologijo lesa in tehnično risanje. Leta 1989 so na zavodu uvedli tečaj za kamnoseke. Ivan Pertot je tečaje vodil več let. V Sežani in okoliških vaseh je predaval in vodil delavnice o kamnarstvu. Bil je tudi pobudnik za ustanovitev šole o kamnarstvu v Sežani, oz. višje strokovne šole kamnarske umetnostne obrti in restavratorstva. V Nabrežini je bil med snovalci razstave o kamnu, ki jo je s sodelavci organiziral vsako leto od 1992 do leta 2006. Kot soavtor je sodeloval pri zborniku Nabrežina skozi stoletja. V prispevku je opisal urbanizem, arhitekturo in arhitekturne elemente domače vasi.
Ob vodenju tečajev in predavanj o kamnarstvu in kamnoseštvu je zbiral podatke za publikacijo Obdelava in projektiranje kamna v kamnoseški obrti. Še prej je za pedagoške namene pripravil in uredil učbenike za notranjo uporabo za potrebe bodočih kamnarjev v Trstu in na Krasu. Pedagoško in strokovno delo je opravljal tudi na Gradbeni šoli v Ljubljani. Sodeloval je pri pripravi Kamnarskega terminološkega slovarja in pri raznih publikacijah, kjer je prispeval poglavja o arhitekturi in arhitekturnih elementih in skrbel za tehnično izrazoslovje. V ospredje je postavil skrb za strokovne izraze kamnarskega področja v materinščini.
Ivan Pertot je bil dejaven tudi v športu, ukvarjal se je z atletiko. Najprej je bil aktiven v Ljubljani, pri atletskem klubu Olimpija, kjer je bil trener in tajnik društva. Med študijem v Ljubljani se je uveljavil kot tekač na 100 metrov. Tudi v Trstu je zasedal vidne rezultate na tekmah Slovenskih športnih iger. V 70. letih 20. stol. je treniral atletiko pri ŠD Bor v Trstu in vodil kondicijsko pripravo pri nekaterih slovenskih športnih društvih na Tržaškem. Občasno je poučeval telesno vzgojo na slovenskih šolah v Italiji.
Pertot, I. Obdelava in projektiranje kamna v kamnoseški obrti: gradivo tečajev za obdelovalce in oblikovalce kamna pri Slovenskem deželnem zavodu za poklicno izobraževanje v Trstu, 1994
Pertot, I. Kamnita dediščina Krasa, 1997
Priznanje Združenja slovenskih športnih društev v Italiji (ZSŠDI), 1989
Zapuščina Ivana Pertota (hrani Odsek za zgodovino pri Narodni in študijski knjižnici v Trstu)
Vogrič, I. in Lovriha, M. Ljubil je domačo zemljo, atletiko in svobodo: umrl je arhitekt ter kulturni in športni delavec Ivan-Ivek Pertot. Primorski dnevnik, 2020, letn. 76, št. 82 (5. apr. 2020), str. 7
.