Po očetu je bil nemškega porekla, po materi pa slovenskega. Osnovno šolo in šest razredov gimnazije je končal v Moravskem Novem mestu in Moravski Trebovi. Zadnji dve leti gimnazije je opravil na Dunaju, kjer je maturiral 7. julija 1914. Med prvo svetovno vojno je bil mobiliziran in ranjen v Galiciji in na soški fronti. Po vojni se je na Dunaju najprej vpisal na filozofsko fakulteto, da bi študiral germanistiko in orientalske jezike, a se je že decembra 1918 prepisal na medicinsko fakulteto. Diplomiral je 10. julija 1922.
Kmalu po rojstvu hčere dr. Raje Neubauer – Jenul (Ljubljana april 1921- Lovran 2010) se je Neubauerjeva družina preselila iz Ljubljane na Golnik pri Kranju. Prvega oktobra 1923 je prevzel vodenje golniškega zdravilišča za tuberkulozo od internista dr. Ottona Hausa, kateri je bil prvi tukajšnji stalni zdravnik od 1. januarja 1922. Ustanova je pod Neubauerjevim vodstvom prerasla v najsodobnejšo ter strokovno najboljšo bolnišnico za pljučne bolezni v takratni Jugoslaviji, hkrati pa se je tudi gradbeno širila. Nekatere kirurške metode sta uvedla prim. dr. Robert Blumauer in primarij dr. Božidar Lavrič. Neubauerjeva velika zasluga pa je bila, da je sam začel opravljati zahtevne torakalne operacije in uvajati nove oblike kirurškega zdravljenja pljučne tuberkuloze. Uvedel je številne nove diagnostične metode (radiološka, bronhološka, funkcionalna). 23. aprila 1937 sta skupaj z dr. Tomažem Furlanom kot prva na Balkanu izvedla novo operativno metodo t.i. pnevmolizo in s tem pri zdravljenju tuberkuloze še bolj uveljavila sloves t.i. golniške šole. Posvečal se je tudi preventivnemu delu. Bil je organizator boja proti tuberkulozi na Slovenskem. Pripravil je Načrt za zatiranje jetike v Dravski banovini in ga začel leta 1930 tudi uresničevati. Skupaj z ravnateljem Okrožnega urada za zavarovanje delavcev dr. Jožetom Bohinjcem je ustanavljal in širil mrežo protituberkuloznih dispanzerjev. Do leta 1941 jih je delovalo že 21. Od leta 1928 do 1941 je organiziral vsakoletne t.i. golniške tečaje za teoretično in praktično usposabljanje zdravnikov, kjer je bil tudi glavni predavatelj. V času življenja in dela na Golniku se mu je leta 1929 rodil sin Henrik Neubauer. V bolnišnici na Golniku je delal do aprila 1941, nato pa spet od julija 1947 do septembra 1948 kot predstojnik Zveznega inštituta za tuberkulozo.
Kmalu po okupaciji Jugoslavije so ga Nemci za nekaj mesecev zaprli najprej v Begunje, nato pa še v Šentvid pri Ljubljani. Družino so prisilno preselili v Ljubljano, kjer je prevzel izpraznjeno ordinacijo dr. Otta Hausa. Leta 1942 se je pridružil OF in leta 1944 odšel v partizane. Čez nekaj časa je v južni Italiji blizu Barija prevzel vodenje partizanske bolnišnice. Tam je spoznal Nado Kraigher (1911-2000), pisateljico, s katero je kasneje živel in se z njo poročil. Ona ga je biografsko popisala v romanu Terminus (Ljubljana 1973). Po končani vojni je bil premeščen v Beograd. Od oktobra 1945 do junija 1946 je kot vodja jugoslovanske delegacije Rdečega križa zbiral pomoč za Jugoslavijo v Kanadi, Veliki Britaniji in ZDA. Od julija 1946 do 1951 je bil načelnik Oddelka za boj proti tuberkulozi. Leta 1951 je odšel na sedež Svetovne zdravstvene organizacije v Ženevo v Švici (do 1955). Avgusta 1952 je postal pomočnik vodje Sekcije za tuberkulozo pri Svetovni zdravstveni organizaciji. Naslednje leto je kot svetovalec za boj proti tuberkulozi odšel na Ceylon, pozneje pa še v nekatere afriške države.
Leta 1951 je postal redni profesor na Medicinski fakulteti v Ljubljani. Po štirih letih dela v tujini je začel leta 1956 ponovno poučevati na Medicinski fakulteti in postal je tudi predstojnik ftiziološke klinike (do 1958. leta). En mandat (1956-1958) je bil dekan Medicinske fakultete v Ljubljani. Leta 1961 je bil izbran za rednega člana SAZU. Napisal je več kot 120 strokovnih in znanstvenih člankov. Bil je glavni urednik Zdravniškega vestnika (1932 – 1939), jugoslovanskega časopisa Tuberkuloza (1949 -1965), urednik Vojno-sanitetskega glasnika (1954) in urednik edinega tovrstnega predvojnega poljudnoznanstvenega časopisa Delo proti tuberkulozi. 29. septembra 1971 je bil ob 50-letnici Inštituta v glavni avli odkrit njegov doprsni bronasti kip, delo akademskega kiparja Janeza Boljka.
Sto let tuberkuloze na Slovenskem, 1965
Ceylon, 1957
Fluorografija, 1950
S cepivom BCG proti tuberkulozi, 1948
Naše naloge v borbi s tuberkulozo, 1947
Naša iskustva sa pneumolizom, 1940
TBC : jetika : zdravim v pouk – bolnim v pogum, 1936
Leta 1958 je dobil Levstikovo nagrado za knjigo o Ceylonu. Leta 1966 pa mu je bila posmrtno podeljena še Kidričeva nagrada.
Z. Zupanič Slavec: Tuberkuloza – kuga 19. in 20. stoletja na Slovenskem, Ljubljana 2009, strani 103-105
Osebnosti od M do Ž, Ljubljana 2008, str. 752
Z. Zupanič-Slavec: Neubauer, Robert, sl. zdravnik ftiziolog, Veliki splošni leksikon : v osmih knjigah.- Str. 2854
G. Zalar (urednik): Petdeset let zgodovine Golnika 1921-1971, Ljubljana 1978, strani 13-14 in 27-28
Nada Kraigher: Terminus, Ljubljana 1973