Rodil se je v Dobu pri Pliberku v revni kmečki družini. Šolati se je začel v domači enorazrednici na Humcu. Že tu je občutil tegobe sistematičnega, načrtnega ponemčevanja. Od leta 1935 je obiskoval gimnazijo v Šentpavlu in Marjanišče v Celovcu. Leta 1941 je bil prisilno mobiliziran v nemško vojsko, po vrnitvi domov 1945. so ga zaprle angleške okupacijske oblasti kot politično sumljivo osebo. Obsojen je bil na osem mesecev zapora, a je kmalu ušel in pobegnil v Slovenijo, na Ravne na Koroškem, kjer se je zaposlil v dijaškem domu. Končal je gimnazijo in maturiral v Mariboru ter študiral slavistiko na ljubljanski Filozofski fakulteti. Po diplomi leta 1949 je postal profesor na ravenski gimnaziji in tam ostal vse do leta 1955. Vrnil se je v Avstrijo in bil šest let brez službe, saj je prihajal v spore z vsemi političnimi stranmi. Opravljal je številna dela od prodajalca zelenjave do nočnega taksista ter inštruktorja in prevajalca slovenske literature v nemščino in obratno. Od leta 1963 do 1980 je poučeval slovenski, nemški in francoski jezik na Slovenski gimnaziji v Celovcu. Bil je tudi urednik in lektor revije Mladje, častni predsednik Društva slovenskih pisateljic in pisateljev v Avstriji. Leta 1973 je bil med pobudniki solidarnostnega komiteja za pravice koroških Slovencev. Pisal je kratko prozo, dramatiko, poezijo in esejistiko. Messner je postavljal v ospredje svojega ustvarjanja kritično in satirično opazovanje dogajanja na avstrijskem Koroškem, predvsem položaj slovenske manjšine, ki so jo ogrožali socialni, ponemčevalni in kulturni pritiski. Živel je na Osojnici nad Celovcem in ohranjal svojo pokončno držo koroškega Slovenca vse do konca.
Ob 100. obletnici rojstva in 10. obletnici njegove smrti so leta 2021, na njegovi rojstni hiši v Dobu pri Pliberku, odkrili spominsko ploščo. Avtorjeva zapuščina je bila do leta 2018 shranjena v rojstni hiši, nato je bila kot depozit predana celovškemu Inštitutu Roberta Musila za literarno raziskovanje.
- Morišče Dravograd (1946, 1985, 2007),
- Ansichtskarten von Kärnten (1970)
- Skurne storije (1971, 1975, 2000)
- Ekstremist Matija Gubec (1973/74)
- Iz dnevnika Pokržnikovega Lukana (1974)
- Pogovor v maternici koroške Slovenke (1974)
- Zasramovanci … združite se! (1974)
- Buteljni pa tabu (1975)
- Skurne storije (1975)
- Vrnitev (1976)
- Fičafajke grejo v hajke (1980)
- Kärntner Heimatbuch (1980, 2005)
- Kritike in polemike (1981)
- Kärntner Heimatfilm (1983)
- Naša lepa beseda (1984, 1986)
- Vprašanja koroškega otroka (1985)
- Ein Kärntner Heimatbuch (1986)
- Nikaragva moja ljubljena (1986)
- Nicarahua mein gelibtes/Nikaragva moja ljubljena (1988)
- Gorše storije (1988)
- Živela Nemčija! (1988)
- Lipa in hrast (1990)
- Kärntner Triptychon/Koroški triptih/Trittico carinziano (1990)
- Der Meldezettel – Kärntner Triptychon II (1991)
- Manj strašna noč (1991)
- Pesmi in puščice (1991)
- Schwarzweisse Geschichte (1995)
- Hinrichtungsstätte Dravograd (1997)
- Kadar nam Drava nazaj poteče, Koroški jaz domovina porečem (1997)
- Aus dem Tagebuch des Pokržnikov Luka : mit Liedern des Pokržnikov Luka = s pesmimi Pokržnikovega Lukana (1998)
- Básně/Pesmi/ Poems (1998),
- Dalok/Pesmi (1999),
- Poèmes (1999),
- Hiob = Job = Giobbe (2000),
- Čigava je ta zemlja naša? (2002),
- Grüß Gott – Slowenenschwein (2003),
- Nicaragua mi querida/Bikaragua moja ljubljena (2003),
- Mein Korotan moj/Moj Kregistan mein (2004),
- Pesni (2005),
- Poezija in proza : skurna in gorša, okrogla in oglata, žlehtna in žlahtna (2005),
- Politična pesem, grda pesem/Politisch Lied, ein garstig Lied (2007),
- Ausgewählte Werke (2009-2011).
- Nagrada Prešernovega sklada (Ljubljana, 1978); Zlati Aritas (Šmarje pri Jelšah, 1995); Prežihova plaketa (Ravne na Koroškem, 1988); nagrada Vstajenje za knjigo Živela Nemčija (Trst, 1988); avstrijski častni križec za znanost in umetnost (1992); nagrada Zlata Praha za film Vrnitev (Praga, 1977).
- Arhar, I. Pogovor z Jankom Messnerjem ob njegovi 70-letnici. Dialogi, 1992, št. 1, str. 38-52.
- Enciklopedija Slovenije. 7. Marin-Nor. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1993, str. 80.
- Forstnerič Hajnšek. M. Janko Messner: (1921-2011). Večer, 28. 10. 2011, št. 251, str. 12.
- Makuc, A. Postoj, trenutek, kako si vendar lep. Odsevanja, 2000, št. 37/38, str. 78-81.
- Slovenska književnost. Ljubljana: Cankarjeva založba, 1996, str. 295-296.
- Ta hiša je moja pa vendar moja ni: koroška antologija. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1976, str. 113-133.
- Vsebina je oblika/Der inhalt ist die form: zbornik. Celovec: Drava, 1998.