Oče Ivan (finančni svetnik), mama Marija Kovšca, brat Stanko (zdravnik). Leta 1923 je maturirala na klasični gimnaziji v Ljubljani, do leta 1927 je na Univerzi v Ljubljani študirala kemijo in fiziko, leta 1929 prav tam doktorirala z dizertacijoPoizkusi kombinacij triarilmetan- in diarilamin-radikalcev. Od leta 1917 do 1933 je poučevala na Poljanski gimnaziji v Ljubljani, potem pa do leta 1945 na celjski gimnaziji. Zaradi delovanja v raznih feminističnihi gibanjih za emancipacijo in enakopravnost žensk je bila med vojno večkrat zaprta (v Celju, Ljubljani, Beljaku in Ribnici). Po vojni se je zaposlila kot docentka na Filozofski fakulteti v Ljubljani, leta 1952 postala tam izredna profesorica, leta 1957 pa redna profesorica za organsko kemijo in analizo. Bila je mentorica okrog 160-im diplomantom in najmanj osmim doktorandom.
Ob pedagoškem delu se je kot raziskovalka ukvarjala najprej s polisaharidi, kasneje pa s kromatografijo in organsko kemično tehnologijo. Z raziskavami o vplivu rženih rožičkov in hermelike na človeško psiho, je veliko prispevala k razvoju farmacevtske industrije. V domačih in tujih strokovno-znanstvenih publikacijah je samostojno objavila preko 60 člankov, okoli 40 s sodelavci; intenzivneje je pisala predvsem po letu 1953. Je avtorica več učbenikov in skript.
Ves čas svojega življenja je bila velika ljubliteljica gora in planinarjenja.
Leta 1965 je bila nagrajena z Redom dela z zlatim vencem, Kidričevo nagrado za življenjsko delo pa je prejela leta 1973.
Organska kemija, 1946
Vaje iz organske kemije, 1958 (soavtorica)
Organska analiza, 1959
Slovenska kemijska nomenklatura, 1966
Organska kemija: za gimnazije in druge srednje šole, 1968 (soavtorica)
Kromatografija, 1969 (soavtorica)
Raziskave hermelike, 1973
M. Milenković: Marija Perpar (1904-1990): prva slovenska raziskovalka na področju organske kemije, Pozabljena polovica: portreti žensk 19. in 20. stoletja na Slovenskem, Ljubljana 2007, str. 400-403
M. Tišler: Prof. dr. Marija Perpar, Vestnik slovenskega kemijskega društva (1990), št. 4, str. 3-4
Primorski slovenski biografski leksikon, snopič 11, Gorica 1985, str. 624
