Janez Janžekovič je ljudsko šolo obiskoval v domači župniji (Sv. Marjeta niže Ptuja – danes Gorišnica), nato pa šolanje nadaljeval na klasični gimnaziji v Mariboru, kjer je maturiral leta 1921. Eno leto je študiral bogoslovje v Mariboru, leta 1922 pa so ga poslali v Pariz na Institut Catholique, kjer je dosegel licence iz filozofije (1925), leta 1929 pa doktoriral. Januarja 1928 je bil v Mariboru posvečen v duhovnika. Najprej se je zaposlil kot kaplan in katehet pri Sv. Miklavžu pri Ormožu, nato pa je bil leta 1930 imenovan za kornega vikarja in kaplana pri mariborski stolnici. Zraven je opravljal še katehetsko službo in že od leta 1931 pomagal pri poučevanju filozofije v bogoslovju. Leta 1933 je bil imenovan za suplenta na bogoslovnem učilišču, čez pet let pa je nastopil službo docenta za filozofijo na Teološki fakulteti v Ljubljani, kjer je bil leta 1946 imenovan za izrednega profesorja, leta 1967 pa za rednega profesorja. Upokojil se je 1974.
Janez Janžekovič je veliko pisal in se ukvarjal s teološkimi, družbenimi in filozofski vprašanji. Objavljal je v revijah Čas, Nova pot, Znamenje in Bogoslovni vestnik. V letih 1929−1984 je napisal 188 znanstvenih, versko-vzgojnih in domoljubnih spisov. Njegova glavna dela so zbrana v šestih zvezkih Izbranih spisov. Leta 1966 je v redni zbirki Mohorjeve družbe izšla knjiga Smisel življenja, kjer je v jeziku, ki ga je lahko razumel povprečno razgledan bralec, odpiral temeljna vprašanja človeškega bivanja.
Izbor:
Smisel življenja, 1966
Krščanstvo in marksizem, 1976
Domoljubni spisi. Vebrova filozofija, 1977
Misleci, 1977
Maurice Blondel kot človek in mislec, 1978
Razprave, 1978
Postružka. Socializem, modroslovje, življenje, 1985
Osebnosti: veliki slovenski biografski leksikon: od A do L, Ljubljana, 2008, str. 400.
H. Srnec: Prleška düša: severovzhodna Slovenija s poudarkom na Prlekiji: prleški ustvarjalci in Prlekija v literarnih delih, Središče ob Dravi, 2014, str. 111−112.
Mislec in kolesja ideologij: filozof Janez Janžekovič, Ljubljana, 2002.
S. Ojnik: Umrl je filozof: v spomin dr. Janezu Janžekoviču, Večer, št. 64 (17. 3. 1988), str. 4.
J. Emeršič: Odhod teologa in filozofa dr. Janeza Janžekoviča, Tednik, št. 13 (31. 3. 1988), str. 5.