Osnovno šolanje je začel v Tolminu in nadaljeval v Gorici. Med prvo svetovno je bil na očetovo željo skupaj z drugimi člani družine poslan v Maribor, kjer naj bi zgolj dočakali mir. Po očetovi smrti je družina ostala na Štajerskem. Černigoj je po vojni maturiral na mariborski realki. Študij na arhitekturnem oddelku tehniške fakultete Univerze v Ljubljani je zaključil kot četrti alipeti diplomant profesorja Jožeta Plečnika. V Beogradu je naredil izpit za avtoriziranega arhitekta.
Černigoj se je kmalu oddaljil od mentorjevega arhitekturnega izraza in na osnovah funkcionalizma utemeljil sodobno mariborsko arhitekturo. Oznečevali so ga kot enega prvih modernih funkcionalistov med slovenskimi arhitekti. Kljub odmiku od Plečnikovih izhodišč se v Černigojevih realizacijah, tudi tistih, ki sta jih naredila skupaj z arhitektom Aleksandrom Devom, ohranja pretehtana kompozicija in skrbno oblikovanje detajlov. Ena najvidnejših del, ki označuje Černigojev opus, je bila že v času izgradnje Hranilnica Dravske banovine v Mariboru (1931-32), ki sta jo ustvarila skupaj z Devom, v obdobju njunega tesnega sodelovanja. Stavba je postala simbol ter temelj sodobne arhitekture v Mariboru.
Z Devom sta leta 1928 zasnovala projektivni biro, ki pa ga je Černigoj zapustil in se 1935-ega leta zaposlil pri mariborskem mestnem gradbenem uradu. V tem obdobju so po Černigojevih načrtih med drugim zgradili več šolskih poslopij, tudi stavbo današnjih osnovnih šol Borisa Kidriča in Franceta Prešerna, dokončano leta 1936, katere tloris v obliki črke A je predstavljal spomenik preminulemu jugoslovanskemu kralju Aleksandru. Za stavbo, ki stoji v mariborski mestni četrti Magdalena, so zapisali, da je bila tedaj “najlepša, največja in najmodernejša šolska zgradba v Srednji Evropi” ter jo imenovali “šolska palača”.
Do leta 1938 je Černigoj izdelal regulacijski načrt Maribora ter več projektov za ureditev nekaterih mestnih ambientov. Med drugim je predvidel precejšnje preureditve promenade na kasnejši Partizanski cesti ter na današnjem Trgu svobode.
Kot mestni arhitekt je bil dejaven tudi v obdobju medvojne okupacije, a so ga konec leta 1944 zaprli v gestapovski zapor. Spomladi 1945 je zbežal in se pridružil Šercejevi brigadi na Pohorju, kjer je bil pomočnik brigadnega šefa propagande.
Po drugi svetovni vojni je sodeloval pri pripravah novega regulacijskega načrta za Maribor, v obdobju do šestdesetih let pa je bil najbolj opazen njegov prispevek v arhitekturi industrijskih, stanovanjskih ter izobraževalnih poslopij. Že pred drugo svetovno vojno se je začela gradnja Hutterjevega bloka, pri katerem je imel sicer glavno besedo Dev. Po vojni pa so bili med glavnimi Černigojevimi stanovanjski bloki na Teznem in na Glavnem trgu (prva polovica 50-ih let), njegova pa sta tudi Tovarna avtomobilov in motorjev (predvsem 1949-50) ter osnovna šola na Teznem (1953-56).
Na področju konservatorstva je bila dobro opažena njegova ureditev rimske nekropole v Šempetru v Savinjski dolini. Kot arhitekt konservator je delal od leta 1957 in obnavljal tudi mariborsko stolnico ter cerkev na Ptujski Gori. Med opaznejšimi povojnimi spomeniki, ki jih je načrtoval Černigoj, sta spomenika talcem v Mariboru in v Mežici. Ukvarjal se je še s knjižno opremo in publicistiko.
Po letu 1961 je do upokojitve predaval na mariborski Višji tehnični šoli.
Černigoja so za njegovo delo odlikovali z visokim državnim odlikovanjem ter ga v jugoslovanski zvezi arhitektov imenovali za častnega člana. V mariborski galeriji Židovski stolp so Černigojeva dela in delo Aleksandra Deva leta 1988 predstavili javnosti na pregledni razstavi. Opus Jaroslava Černigoja še ni doživel sistematične obdelave, njegova dela, predvsem predvojna, pa ocenjujejo kot nadpovprečna.
Strokovni članki:
K študiji za regulacijo mariborskega glavnega trga, Kronika slovenskih mest, št. 2 (1935), str. 152-154
Bodoči Trg svobode v Mariboru, Kronika slovenskih mest, št. 2 (1939), str. 80-84
več objav v strokovni reviji Varstvo spomenikov
Hranilnica Dravske banovine, Maribor, Arhitektura: mesečna revija za stavbno, likovno in uporabno umetnost, št. 11/12 (1932), str. 289-291
F. Šijanec: Sodobna slovenska likovna umetnost, Maribor 1961
J. Pirkovič Kocbek: Izgradnja sodobnega Maribora. Mariborska arhitektura in urbanizem med leti 1918 in 1976, Ljubljana 1982
Enciklopedija Slovenije, 2. zvezek, Ljubljana 1988 (geslo ČERNIGOJ, Jaroslav)
J. J. Zadravec: Jaroslav Černigoj, Delo (21. 1. 1989), str. 2
Primorski slovenski biografski leksikon, 19. snopič, Gorica 1993 (geslo ČERNIGOJ Jaroslav)
Plečnikova šola v Ljubljani: katalog razstave, Ljubljana 1996
Veliki splošni leksikon: v osmih knjigah, Druga knjiga, Ljubljana 1997 (geslo Černigoj, Jaroslav)
S. Bernik: Slovenska arhitektura dvajsetega stoletja, Ljubljana 2004
D. Pušenjak: Napredek od loka do rakete, Delo (12. 1. 2007)
M. Rubin: Šolsko stavbo v Žolgerjevi so zgradili pred 70 leti, Delo (22. 5. 2007)
S. Skalicky: Arhitekt Saša Dev in Maribor, AR: arhitektura, raziskave, št. 2 (2007), str. 20-25