Otroštvo preživel v Železnikih. Sedaj živi in dela v Ljubljani. V osnovni šoli je bil učenec z odličnim uspehom. Po končani škofjeloški gimnaziji je odslužil vojaški rok najprej v Bihaču, potem pa v Varaždinu, kjer je bil kuhar. Ker je neko testiranje pokazalo, da je zanj primerna ekonomija, se je vpisal na Ekonomsko fakulteto v Ljubljani, kjer je diplomiral na prvi stopnji iz mednarodne trgovine. Med študijem je pogosto hodil v kinoteko. Tam je nekoč videl oglas za filmski seminar, ki ga je vodil Joco Jovanović. On mu je tedaj odprl oči, tako da je začel film gledati kot filmar, ne več kot gledalec. Že leta 1989 je kot amater zrežiral in napisal scenarij za kratki igrani film Vrata. Leta 1990 se je poročil z Natašo rojeno Capuder s katero ima sina Nikolaja in od katere se je ločil leta 2000. Leta 2006 se je poročil z poljsko koreografko in plesalko Magdaleno Reiter.
Leta 1996, po šestih letih rednega študija, je Burger diplomiral iz filmske in TV režije na filmski akademiji (FAMU) v Pragi na Češkem s televizijskim filmom Macek za katerega je prejel nagrado Češkega literarnega fonda za najboljši scenarij in režijo. Leta 1998 je posnel televizijski dokumentarni film o Cukrarni v Ljubljani (Sladka hišica). Leta 1999 je bil režiser in so-scenarist celovečernega igranega filma V leru. Ta film je na 2. Festivalu slovenskega filma v Portorožu prejel 6 priznanj, med drugim za najboljši film, za najboljši scenarij, najboljši film (Žirija slovenskih filmskih kritikov), najboljši film (Žirija občinstva). Film je prejel tudi številna mednarodna priznanja. V naslednjih dveh letih je film prepotoval ves svet, bil prikazan na več kot 50 festivalih, in dobil še več kot 15 nagrad. Film V leru, ki je bil pravi hit kot črno-beli nizkoproračunec, je v slovenskih kinih videlo več kot 60.000 gledalcev. Prodan pa je bil tudi v tujino. Leta 2000 je bil režiser in scenarist kratkega dokumentarnega filma Matura 2000. Leta 2000 je posnel televizijsko humoristično nanizanko Novakovi. Bil je tudi soustanovitelj eksperimentalnega gledališkega studia Burgerteater. Za to gledališče je 1999 režiral predstavo Piki in Roni in leta 2000 predstavo Gospa Margareta.
Leta 2003 je skupaj z Janom Cvitkovičem ustanovil producentsko hišo STARAGARA v kateri je produciral Cvitkovičev film ODGROBADOGROBA, ki je zmagal na festivalu slovenskega filma 2005, pobral preko 20 mednarodnih nagrad in bil prodan v 15 držav. Leta 2004 je bil soavtor scenarija in režiser celovečernega igranega filma Ruševine. Film je dobil na 7. Festivalu slovenskega filma 2004 skupaj 13 nagrad, med drugim nagrado Vesna za najboljši film in za najboljšo režijo. Ta film je bil slovenski kandidat za nagrado Oskar v kategoriji za najboljši tujejezični film leta 2006. Leta 2007 je bil režiser in scenarist kratkega igranega filma Na sončni strani Alp, ki je dobil nagrado Vesna za najboljši kratki film leta 2008. Film je bil prikazan na preko 30 festivalih, na nekaterih tudi nagrajen in bil prodan v tujino. Leta 2007 je bil režiser in scenarist celovečerne TV drame Sonja. Leta 2010 je bil režiser in scenarist celovečernega igranega filma Circus Fantasticus. Film je na 13. Festivalu slovenskega filma 2010 v Portorožu dobil 8 nagrad, med drugim nagradi Vesna za najboljši igrani film in za najboljšo režijo.
Viri: različna literatura ter popravki in dopolnitve Janeza Burgerja marca 2011
prejel nagrado Češkega literarnega fonda za najboljši scenarij in režijo za film Macek
Osebnosti od A do L, Ljubljana 2008, str. 122
P. Kolšek: Fenomen žaganja hruške : pogovor z režiserjem Janezom Burgerjem, Delo 2007, št. 254 (5. nov.), str. 9
S. Šimenc: Na gorenjski zemlji, Ob 100-letnici slovenskega filma 1905-2005, Kranj 2005, str. 29
D. Valič: ” Praški študent” in falirani študent, Ekran 2005, št. 1/2, str. 27
A. Vaupotič: Ruševine, Ampak 2005, št. 4 (apr.), str. 63
S. Popek: Janez Burger, Ekran 2004, št. 9/10, str. 5-7
V. Milek: S pitbuli na verigi po tanki vrvi čez prepad : Janez – Miki Burger, zmagovalni režiser, Delo 2004, št. 264 (13. nov.).- str. 32-34
V. Milek: Najprej improvizacije, iz tega pa film : Janez Burger Miki, režiser filma V leru, pred novim snemanjem, Delo 2000, št. 65 (18. mar.), str. 22-23
Miha Brun: Nataša in Janez Burger, Stop 1999, št. 14 (8. apr.), str. 14-15
V. Plahuta: Kot bi gledal ribe v akvariju : pogovor z režiserjem Janezom Burgerjem, Delo 1999, št. 66 (22. mar.), str. 8
Simon Popek: Janez Burger : portret tedna, Delo 1999, št. 88 (17. apr.), str. 32