Rodil se je v Vidmu pri Ptuju, v veliki družini z osmimi otroki (sestra Ivanka Brglez).Velik del otroštva je preživel pri starih starših v Lancovi vasi. Osnovno šolo je obiskoval v Vidmu, nato se je vpisal na ptujsko gimnazijo. Ker je bila njegova družina v času druge svetovne vojne izgnana, je šolanje nadaljeval v Daruvarju in Sisku. Po štirih letih pregnanstva se je vrnil domov in leta 1948 maturiral na ptujski gimnaziji. Študij je nadaljeval na Veterinarski fakulteti v Zagrebu, kjer je leta 1954 diplomiral. Po obveznem stažu na Veterinarskem zavodu v Celju je opravil specializacijo iz parazitologije in invazijskih bolezni domačih živali na Veterinarski fakulteti v Zagrebu, leta 1960 pa tam tudi doktoriral.
Prvih deset let je služboval na Veterinarskem zavodu Celje, leta 1965 pa se zaposlil na Veterinarskem zavodu v Ljubljani, kjer je na Oddelku za mikrobiologijo vrsto let vodil parazitološki laboratorij. Na Veterinarskem zavodu je bil najprej izvoljen za višjega znanstvenega sodelavca, leta 1974 habilitiran v naziv izredni profesor na področju parazitologije, nato pa izvoljen za znanstvenega svetnika (1975). Leta 1977 se je zaposlil na Veterinarskem oddelku Biotehniške fakultete v Ljubljani, kjer je predaval parazitologijo domačih živali ter invazijske bolezni s parazitološko epizootiologijo na podiplomskem študiju. Leta 1979 se je pridobil naziv rednega profesorja. Upokojil se je leta 1997.
Na znanstvenem področju je raziskoval zajedavsko favno pri sladkovodnih in morskih ribah, pri pticah ter domačih živalih in divjadi. Vodil je številne raziskovalne projekte, predaval po svetu in bil mentor mnogim diplomantom, magistratom in doktorandom. Napisal je deset učbenikov parazitologije, sedem strokovnih monografij in okoli 600 člankov, v katerih je poročal o več kot 300 vrstah zajedavcev, ki v Sloveniji dotlej niso bili poznani. Njegovi raziskovalni dosežki so odmevali tako v domači kot v tuji strokovni javnosti in bili povzeti v mnogih prestižnih svetovnih monografijah in učbenikih.
Vrsto let je delal tudi kot urednik Zbornika Biotehniške fakultete – Veterinarstvo oz. Zbornika Veterinarske fakultete, sodeloval pri organizaciji številnih kongresov ter bil član uredniških odborov periodičnih časopisov Praxis veterinaria, Acta parasitologica Jugoslavica ter časopisov Veterinaria in Veterinarskega glasnika.
Dela (izbor):
– Zajedavci in zajedavske bolezni sladkovodnih rib v Sloveniji (Ljubjana, Biotehniška fakulteta, 1973)
– Zajedavci pri pticah v Sloveniji (Ljubljana, VTOZDza veterinarstvo, 1981)
– Zajedavci in zajedavske bolezni domačih živali (Ljubljana, Kmečki glas, 1978)
Za svoje delo je dobil številna priznanja:
– nagrado Sklada Borisa Kidriča (1974) za delo Zajedavci in zajedavske bolezni sladkovodnih rib v Sloveniji,
– Kidričevo nagrado za proučevanje zajedavske favne ptic v Sloveniji (1983),
– Bleiweisovo priznanje Zveze društev veterinarjev in veterinarskih tehnikov Slovenije (1995)
– plaketo Veterinarske fakultete v Ljubljani (1995),
– naziv častni občan Občine Videm pri Ptuju (2003).
Vrhunec priznanj njegovemu delu je bila izvolitev za dopisnega člana Hrvaške akademije znanosti in umetnosti (2000).
– J. Batis: Kidričevo nagrado v letu 1983 je prejel prof. dr. Janez Brglez. V: Zbornik Biotehniške fakultete, letn. 20 (1983), št. 1, str. 126.
– M. Pogačnik: Podelitev plaket Veterinarske fakultete. V: Veterinarske novice, letn. 22 (1996), št. 1, str. 24–29.
– V spominih se vračam v najlepša leta mladosti. V: Tednik, letn. 53, št. 42 (19. 10. 2000), str. 5.
– Dr. Janez in dr. Ivanka Brglez. V: Tednik, letn. 56, št. 26 (3. 7. 2003), str. 2
– M. Amon: Prof. dr. Janez Brglez 80-letnik. V: Delo, leto 49, št. 257 (8. 11. 2007), str. 21.