Podobarstva se je najprej tri leta učil v delavnici podobarja in mizarja Jerneja Trnovca v Polhovem Gradcu. Nato je šel v uk v obrtno šolo v Ljubljano, ki jo je kot hospitant obiskoval dve leti. Direktor šole je bil tisti čas Ivan Šubic, na Vodnika pa je imel velik vpliv učitelj kiparstva in rezbarstva, priznani slovenski kipar Alojz Gangl iz Metlike, ki je poučeval kar v svojem ateljeju v Zoisovi hiši na Bregu v Ljubljani.
Po dveh letih šole je kot štiriindvajsetleten najprej odšel k ljubljanskemu kamnoseškemu mojstru Feliksu Tomanu, nato pa h kiparju Alojzu Progarju, ki je izhajal iz Dolenje vasi pri Mirni peči, v Celovec. Nekaj časa se je med drugim izpopolnjeval tudi na Dunaju, leta 1907 pa je prišel v Novo mesto, kjer je odprl delavnico in jo vodil dolga leta. V Novem mestu je obnovil oziroma izdelal nad petdeset oltarjev, veliko kipov in razpel. Njegov atelje sta rada obiskovala tudi umetnostni zgodovinar dr. France Stele in slikar Božidar Jakac.
V Novem mestu si je France Vodnik ustvaril dom in družino. Njegov sin, prav tako France Vodnik, je bil biolog in zoolog ter pisec učbenikov.
Dular, J. Oživljeni spomini na umetnika. Dolenjski list, 18. 11. 1965, let. 16., št. 46, str. 6–7.
