Rodil se je očetu Florjanu in materi Agnes, roj. Hrastar, na griču Marof pri Novem mestu v župniji Prečna, na hišni številki Bršljin 1. V Novem mestu je obiskoval ljudsko šolo ter bil leta 1842 sprejet na novomeško gimnazijo, kjer je končal šest razredov. Leta 1848 je vstopil v frančiškanski red in prejel redovno ime Rafael. Študiral je v samostanu Kostanjevica pri Gorici, v Ljubljani in na Dunaju, kjer je na univerzi končal študij. V duhovnika je bil posvečen leta 1853.
Ob koncu petdesetih let 19. stoletja se je vrnil v Novo mesto, kjer je na tamkajšnji gimnaziji poučeval zgodovino in zemljepis, od leta 1868 do prihoda p. Hugolina Sattnerja sredi sedemdesetih let 19. stoletja pa tudi petje. Po prehodu gimnazije pod državno upravo leta 1870 je pater Rafael kot ustrezno izobražen profesor z opravljenim strokovnim izpitom lahko nadaljeval s poučevanjem.
Na glasbenem področju je bil dejaven zlasti kot organist novomeških frančiškanov, ki je priložnostno tudi skladal. Poleg tega se je tehnično nadarjen redovnik ukvarjal z izumiteljstvom in se priučil tudi mizarstva. Bil je namestnik (vikar) novomeškega samostana, med letoma 1867 in 1869 njegov gvardijan, deloval pa je tudi kot definitor hrvaško-kranjske province sv. Križa. Dal je prenarediti pročelje in glavni vhod samostanske cerkve sv. Lenarta, povečati njen kor ter okrasiti svod cerkvene ladje. V njegovem času so frančiškani obnovili in nadgradili cerkvene orgle, dali izdelati več novih cerkvenih zvonov ter pokopališki zid nadomestili z železno ograjo.
Kot narodno zaveden in razgledan Slovenec je bil p. Rafael v času zaostrovanja narodnih nasprotij v habsburški monarhiji moralna opora slovenskim gimnazijcem. V letnih poročilih novomeške gimnazije je objavil več zgodovinskih prispevkov, med drugim tudi besedilo o zgodovini Novega mesta.
225 let novomeške gimnazije: 1746–1971. Novo mesto: Gimnazija, 1971, str. 88, 90, 97, 308, 321, 363 in 477.
Darko Žnidaršič, P. D. Frančiškanski očaki: P. Rafael (Mihael) Klemenčič. V: Oznanila Ljubljanskih frančiškanskih župnij, 29. 9. 2024, let. 44, št. 36. https://zupnija-bezigrad.si/wp-content/uploads/2024/09/oznanila-44-36.pdf
Dolenjske novice, 1. 3. 1886, let. 2, št. 5, str. 38; 1. 7. 1886, let. 2, št. 13., str. 104; 10. 4. 1919, let. 35, št. 15, str. 58; let. 35, št. 30, 14. 8. 1919, str. 118.
Furlan, A. Zgodovina frančiškanske cerkve v Novem mestu. Novo mesto: Frančiškanski samostan, 1937, str. 9, 10, 13 in 14.
Granda, S. Družbena in družabna vloga novomeške gimnazije do 1. svetovne vojne. V: 250 let gimnazije Novo mesto: 1746–1996, 1996, str. 24.
Höfler, J. Glasbenozgodovinske najdbe 18. in 19. stoletja v Novem mestu. V: Kronika: časopis za slovensko krajevno zgodovino, 1967, let. 15, št. 3, str. 143, 146 in 147.
Jarc, J. Iz preteklih stoletji Novega mesta. V: Novo mesto skozi čas, 1990, str. 56.
Jarc, J. Novo mesto med 1850 in 1900 in Narodno prebujenje Novega mesta. V: Jarčev zbornik: razprave in portreti, 1993, str. 53, 87, 89, 90, 158 in 194.
Matricula Online: NŠAL (Krstna matična knjiga: 1828–1840). (citirano 6. marca 2026). Dostopno na naslovu: https://data.matricula-online.eu/sl/slovenia/ljubljana/precna/01899/?pg=19
Picigas, L. Spomini, 1947, zv. 1, str. 18, 25, 26, 43, 44, 45, 73, zv. 2, str. 170, 198, 199, zv. 3, str. 274, zv. 4, str. 367, 392, 395, zv. 6, str. 548. (fotokopijo rokopisa hrani Knjižnica Mirana Jarca Novo mesto, Ms 318).
Vrhovec, I. Zgodovina Novega mesta. Ljubljana 1891, str. 154, 298, 300, 301–302 in 304.
