Pri devetih letih so ga starši poslali v šolo v Ljubljano, saj v njihovi okolici ni bilo šole. Šolanje je nadaljeval v Novem mestu na latinski šoli. Po končanih latinskih in modroslovskih šolah je jeseni 1835 vstopil v ljubljansko semenišče. Po končanem tretjem letniku bogoslovja je bil leta 1839 posvečen.
Leta 1841 je bil z dekretom imenovan za subsidiarija (tretjega pomočnika) v Semiču, kjer je pomagal bolnemu župniku, poznejšemu novomeškemu kanoniku Žagarju. Istega leta se je preselil v Metliko, kjer je deloval kot kaplan in katehet. Spomladi 1843 je bil premeščen v Kočevje za kaplana. Tam je ostal šest let, nato pa postal župnik in dekan v Semiču.
Po smrti dekana Ignacija Holzapfla leta 1868 je Skubic postal ribniški dekan. Poskrbeti je moral za ureditev in okrasitev nove farne cerkve sv. Štefana, pri čemer so sodelovali najboljši slovenski umetniki tistega časa. Kamnite oltarje je naročil pri Ignaciju Tomanu v Ljubljani, kipe svetnikov je izdelal France Zajec, novi križev pot pa je naslikal Matija Koželj. Leta 1874 je cerkev dobila nove orgle, ki jih je izdelal France Goršič. Leta 1880 je slikar Janez Wolf s freskami poslikal prezbiterij. Zadnje večje delo v cerkvi, ki ga je naročil Skubic, je bilo slikanje prečne ladje leta 1890. Med drugim je uredil in obnovil tudi večino podružničnih cerkva.
Skubic je bil prepoznaven zaradi svojih izjemnih organizatorskih sposobnosti. Njegova prizadevanja za izboljšanje cerkvenih prostorov in podružnic so bila ključna za ohranitev in obogatitev sakralne dediščine na tem območju. Z naročili oltarjev, kipov, križevega pota in fresk, ki so jih ustvarili pomembni umetniki tistega časa, je Skubic cerkvi dal pomemben pečat, s katerim sta se do danes ohranili umetniška in verska vrednost teh del.
