Rodil se je v Velikih Žabljah pri Ajdovščini očetu Jožefu Vrtovcu, krojaču in gostilničarju, ter materi Antoniji, rojeni Vidmar. Osnovno šolo je obiskoval v domačem kraju, gimnazijo pa v Gorici in nato v Šentvidu pri Ljubljani, kjer je leta 1918 maturiral. Medicino je začel študirati v Ljubljani, študij nadaljeval v Pragi in Gradcu ter tam leta 1924 doktoriral. Po diplomi se je zaposlil v Higienskem zavodu v Ljubljani, kjer se je posvečal predvsem vprašanjem higiene živil, epidemiologije in organizacije javnega zdravstva.
Leta 1927 je s štipendijo Rockefellerjeve ustanove, pridobljeno ob podpori hrvaškega zdravnika in zdravstvenega reformatorja Andrije Štamparja, eno leto študiral na Univerzi Johna Hopkinsa v Baltimoru. Specializiral se je za splošno higieno in socialno medicino ter se seznanil z delovanjem sodobnih zdravstvenih ustanov v Združenih državah Amerike.
Po vrnitvi v domovino je leta 1929 prevzel organizacijo in vodstvo novoustanovljenega zdravstvenega doma v Mariboru, ene osrednjih preventivno usmerjenih zdravstvenih ustanov v severovzhodni Sloveniji. Pod njegovim vodstvom so delovali protituberkulozni in antirabični dispanzer, bakteriološko-serološki laboratorij ter šolska poliklinika z otroškim dispanzerjem. Posebno pozornost je namenjal preprečevanju nalezljivih bolezni, zdravstveni vzgoji prebivalstva ter izboljševanju higienskih razmer. Sodeloval je pri urejanju vodovodov in sanitarnih naprav, zavzemal se je za zdravstveno zaščito otrok in mladine ter leta 1931 pri sv. Martinu na Pohorju organiziral počitniški zdravstveni dom za mladino. Za svoje delo na področju javnega zdravstva je leta 1936 prejel odlikovanje reda sv. Save.
Med drugo svetovno vojno je bil po nemški zasedbi Maribora izgnan v Srbijo. Po vrnitvi v Slovenijo je deloval kot zdravnik na območju idrijskega in črnovrškega. Leta 1943 je v Zadlogu pri Črnem Vrhu organiziral partizansko bolnišnico. Ob nemški ofenzivi jeseni istega leta je sodeloval pri evakuaciji ranjencev in zdravstvenega osebja na varnejša območja in za to po vojni prejel priznanje in diplomo.
Od leta 1944 je deloval v Gorici, kjer je bil imenovan za primarija pokrajinske psihiatrične bolnišnice. Po vojni je sodeloval pri organizaciji zdravstvene mreže na Goriškem, Krasu in Tolminskem ter pomagal ustanavljati ambulante na podeželju. V goriškem okolju je ostal do upokojitve leta 1966, zdravniško delo pa je opravljal še pozneje. Ukvarjal se je tudi s proučevanjem razširjenosti psihiatričnih, alkoholnih in sifilitičnih obolenj v goriški pokrajini.
Objavljal je strokovne in poljudnoznanstvene prispevke s področij higiene, epidemiologije, socialne medicine in zdravstvene vzgoje. Med njegovimi pomembnejšimi deli je knjižica Vsakdo sam svojega zdravja kovač (1931), namenjena širjenju zdravstvene ozaveščenosti med prebivalstvom. Prispevke je objavljal v revijah Zdravstveni vestnik, Zdravje in Roditeljski list.
Vrtovec sodi med pionirje preventivne medicine in organiziranega javnega zdravstva na Slovenskem med obema vojnama. Njegovo delo je pomembno zaznamovalo razvoj zdravstvene službe v Ljubljani, Mariboru in na Goriškem ter prispevalo k uveljavljanju sodobnih načel higiene, epidemiologije in zdravstvene preventive.
Vsakdo sam svojega zdravja kovač, 1931
Borisov, Peter: Vrtovec, Josip (1899–1978). Slovenska biografija. Slovenska akademija znanosti in umetnosti, Znanstvenoraziskovalni center SAZU, 2013. (12. junij 2026). Dostopno na naslovu: http://www.slovenska-biografija.si/oseba/sbi825282/#slovenski-biografski-leksikon
Primorski slovenski biografski leksikon: 17. snopič. Gorica: Goriška Mohorjeva družba, 1991, str. 286.
