Bil je sin Lenarta Kacijanarja iz graščine Katzenstein v Begunjah in Uršule roj. Herberstein, sestre znamenitega diplomata in zgodovinarja Žige Herbersteina iz Vipave. Leta 1527 je postal stolni dekan pri Gospe sveti na Koroškem. Leta 1530 je postal stolni prošt v Krki na Koroškem (Gurk). Za tretjega ljubljanskega škofa po vrsti ga je bil imenoval kralj Ferdinand leta 1536, papež ga je potrdil leta 1537. Na škofovskem stolu je nasledil Krištofa Ravbarja. V času njegovega škofovanja se je na Kranjskem razširil protestantizem. Kot humanist je bil Franc Kacijanar protestantizmu naklonjen. Tesno se je zvezal s Primožem Trubarjem, ki ga je vzel za svojega osebnega spovednika in ga na predlog P. Bonoma leta 1542 imenoval tudi za stolnega kanonika. Pokopan je v Gornjem gradu.
Osebnosti, od A do L, Ljubljana 2008
J. Sinobad: Dežela, kulturnozgodovinski oris Radovljiške ravnine, Ljubljana 1998, str. 175 (prim. tam navedeno literaturo)