Po končani ljubljanski klasični gimnaziji (1956–1963) se je vpisal na Filozofsko fakulteto in študiral primerjalno jezikoslovje (1963–1972), smer anglistika in indoevropsko primerjalno jezikoslovje, leta 1966 pa se je vpisal še na Teološko fakulteto v Ljubljani. Leta 1972 je diplomiral na obeh fakultetah, leto prej (1971) je bil posvečen v duhovnika. Po diplomi (1972) je začel poučevati angleščino, francoščino, nemščino in latinščino na takratni Srednji verski šoli (kasneje Škofijski gimnaziji) v Vipavi, kjer je ostal do svoje smrti. Služboval je tudi kot duhovni pomočnik v župniji Vipava.
Pokopan je v Horjulu.
Kot odličnega prevajalca so ga že leta 1979 povabili k sodelovanju v svetopisemsko prevajalsko ekipo z Jurijem Bizjakom in Otmarjem Črnilogarjem in skupaj so oblikovali nekakšen vipavski biblijski zavod. S prevajanjem in lektoriranjem je sodeloval kar pri treh izdajah Svetega pisma: jubilejni, standardni in pri Jeruzalemski izdaji. Ob tem je ustvaril še obsežen lektorski in prevajalski opus in poslovenil velike teološke in filozofske pisce: Pascala, Newmana, Mertona, Bubra, Kierkegaarda, Gilsona in več zvezkov Cerkvenih dokumentov. Njegovo zadnje veliko delo je bil jezikovni pregled novega Misala.
Kot publicist je objavljal v raznih revijah (Družini, Reviji 2000, Božje okolje in drugih) in bil od leta 1986 pri Mohorjevi družbi v Celju urednik zbirke Religiozna misel, od leta 1999 pa v uredniškem odboru mednarodne revije Communio. Za prevod Pascalovih Misli je leta 1981 prejel Sovretovo nagrado. Leta 2000 ga je papež Janez Pavel II. odlikoval s papeškim naslovom monsignor. Marca 2016 pa mu je Teološka fakulteta Univerze v Ljubljani podelila naziv častnega senatorja za zasluge na znanstvenih področjih.
Dela:
Pot, resnica in življenje: nedeljski in prazniški nagovori, 2004
K. H. In memoriam Janez Zupet (1944–2016). Dostopno na naslovu: https://www.druzina.si/ICD/spletnastran.nsf/clanek/in-memoriam-janez-zupet-1944-2016.