Po maturi na Družboslovnem liceju Antona Martina Slomška v Trstu je na dodiplomski stopnji diplomiral iz Kulturnih študijev in antropologije na Fakulteti za humanistične študije v Kopru, leta 2014 pa magistriral iz Filozofskih ved na Oddelku za humanistične študije Univerze v Trstu. Poučuje filozofijo in zgodovino na liceju Franceta Prešerna s slovenskim učnim jezikom v Trstu, pogodbeno predava na Oddelku za humanistične vede Univerze v Trstu, je doktorand Sociologije kulture na Filozofski fakulteti Univerze v Ljubljani. Izobraževal se je na Mémorial de la Shoah v Parizu (2015) in Berlinu (2017).
Raziskovalno se z gledišča družbene etike, zgodovine idej in kulturne zgodovine ukvarja z renesančno filozofijo, posebno z italijanskim civilnim humanizmom in vlogo humanističnih ved v sodobnosti. V slovenski prostor uvaja misli katoliškega filozofa Augusta Del Noceja (Družina 2021), dominikanca Bartoloméja de Las Casasa (Družina 2021), humanista Leona Battiste Albertija (Studia humanitatis 2023) in drugih.
Objavlja znanstvene, strokovne in poljudne članke v slovenskih in tujih revijah, prevaja in piše strokovna in znanstvena dela, javno nastopa, razmišlja naglas. Na literarnem področju prevaja italijanske gorniške pripovednike Maura Corono, Paola Cognettija in Maria Rigonija Sterna, objavlja kratke zgodbe, eseje in druge zapise. Pred izidom je njegov avtorski prvenec (ZTT, 2023).
Redno objavlja v Sobotni prilogi časopisa Delo. Vrsto let je kot voditelj in avtor radijskih oddaj sodeloval z Deželnim sedežem RAI v Trstu, za katerega je nastal tudi avtorski niz o gorniški literaturi Od višine se zvrti (prvič predvajan 2016). Občasno objavlja v Planinskem vestniku, Primorskem dnevniku in drugem tisku. Je kulturniško aktiven član slovenske narodne skupnosti v Italiji in priljubljen predavatelj v vseslovenskem prostoru. Pred izidom je njegov avtorski prvenec.
Kot navdušen gornik in ljubitelj gorske kulture sodeluje z mednarodnim Festivalom gorniškega filma, na katerem je že predaval (Onkraj mita: Emilio Comici 2017; Človek iz lesa in skale 2021) in bil član strokovne žirije (2021).
Jernej Šček je član številnih strokovnih in kulturnih združenj: sodeluje s Slovensko matico, Fundacijo Poti miru v Posočju/Walk of Peace, Slovenskim raziskovalnim inštitutom (SLORI) iz Trsta, Založništvom tržaškega tiska, Skladom Mitja Čuk in z mednarodno filozofsko pobudo Misliti več/Pensare di più.
Izhaja iz glasbene družine vipavskega rodu, je vnuk skladatelja Ivana (1925—1972), sin dirigenta Matjaža in nečak pianistke Alenke, poročen z dirigentko Petro Grassi, s katero živita v Slivnem pri Trstu.
Misliti več / Pensare di più / Misliti više. Zbornik, prvi 2014 in drugi del 2021 (souredil)
Bartolomé de Las Casas: Nadvse kratko poročilo o Indijah, 2021 (strokovno uredil)
Augusto Del Noce: Resnica in razum v zgodovini. Antologija filozofskih spisov. Zbirka Sidro 44, 2021 (prevedel in strokovno opremil)
Mario Rigoni Stern: Divjerasli arboretum, 2022 (prevedel in opremil)
Vodnik Pot miru od Alp do Jadrana, 2022 (uvodna beseda, trojezično)
Mauro Corona: Kot kamen v rečnem toku, 2021; Zadnje izpovedi, 2022; Dvajset veselih in ena žalostna, 2023; Konec izkrivljenega sveta, 2023 (prevedel in opremil)
Leon Battista Alberti: Izbrani humanistični spisi, 2023 (prevedel in strokovno uredil)
Paolo Cognetti: Divji deček. Gorski dnevnik, 2022; Nikoli na vrh. Himalajsko potovanje, 2023; Volčja sreča, 2023 (prevedel in opremil)
Massimo Recalcati: Šolska ura ali o erotiki poučevanja, 2023 (prevedel)
Javorca. Bazilika miru, 2023 (spremna beseda, štirijezično)
Korespondenca z Jernejem Ščekom, 8. 2. 2023