Rodil se je kmetu in vinogradniku Janezu Ruglju v Brezovici pri Mirni na Dolenjskem. Tam je končal osnovno šolo in se leta 1942 vključil v NOB, najprej kot ilegalni partizanski kurir. Nekaj časa je preživel tudi v italijanskem zaporu, po izpustitvi pa se je aktivno vključil v partizane. Po osvoboditvi je do leta 1970 deloval kot oficir v JLA. Leta 1958 so mu v Jugoslovanski armadi dovolili, da se je vpisal na Medicinsko fakulteto v Sarajevu. Končal jo je leta 1962 v Ljubljani. Med študijem je bil aktiven v študentskem življenju in bil predsednik Zveze študentov Univerze v Ljubljani. Specializacijo iz nevropsihiatrije je končal leta 1967 v Ljubljani.
Leta 1970 se je demobiliziral in nastopil službo na Psihiatrični kliniki v Ljubljani. V letu 1969 se je izobraževal pri svojem vzorniku prof. dr. Vladimirju Hudolinu v Zagrebu, ki je razvil svojo, zelo uspešno metodo zdravljenja alkoholikov. Pri njem je leta 1979 tudi doktoriral. Od 1971–1974 je bil vodja Centra za zdravljenje alkoholikov na Škofljici, leta 1974 pa je odšel med zasebnike, delal kot tradicionalni psihiater in začel ustanavljati skupine zdravljenih alkoholikov. S pomočjo sodelavcev je ustanovil okrog sto tovrstnih klubov po Sloveniji. Kljub uspešnemu delu je moral klube zaradi pritiskov tradicionalne psihiatrije razpustiti, a svoje terapevtske poti ni zapustil. Prisilno so ga skušali upokojiti v letih 1982, 1985 in 1995. Razumevanje in podporo je dr. Rugelj našel na Inštitutu za varovanje zdravja Republike Slovenije. Upokojil se je leta 2007.
Psihiater Janez Rugelj je razvil izvirno socialno-andragoško metodo obravnave alkoholikov in kasneje tudi drugih ljudi v stiski. Z njo je preoblikoval delo z alkoholiki v Sloveniji in številnim ponudil možnost dviga iz življenjskega zdrsa z raznimi vzgojno-terapevtskimi sredstvi (redna jutranja telovadba, vztrajnostni tek, branje, pisanje, izobraževanje, osebnostna preobrazba …). Vse življenje si je prizadeval za vsestransko izobraževanje in ustvarjalno delovanje. O svojem delu je napisal 10 knjig in objavil več sto poljudnih, strokovnih in znanstvenih člankov.
Njegov sin Samo Rugelj je pisatelj, urednik in založnik.
Zlati red za zasluge RS Slovenije za vseživljenjsko zdravniško, humanitarno in znanstveno delo, 2007.
Enciklopedija Slovenije: zv. 10: Pt-Savn. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1996, str. 327.
Rugelj, J. Iz mojega življenja in Dodatek k ponatisu knjige. V: Pot samouresničevanja, 2008, str. 1201–1216.
Vistoropski, N. Samo Rugelj: »Oče ni nikoli gledal na uro«. (citirano 28. 6. 2023). Dostopno na naslovu: https://old.delo.si/druzba/panorama/samo-rugelj-oce-ni-nikoli-gledal-na-uro.html