Rojen je bil v družini slovenskega graščinskega uradnika v Arclinu pri Celju. Filozofske in teološke študije je končal leta 1728 v Gradcu, za duhovnika pa se ni dal posvetiti; raje se je odpravil na triletno potovanje po Italiji, nato pa je bil 15 let domači učitelj pri uglednih štajerskih plemiških družinah. Med drugim je poučeval tudi slovenščino.
Leta 1750 je izdal svoje najobširnejše delo »Untersuchungen vom Meere« in z njim hitro zaslovel. Knjiga predstavlja zbirko naravoslovnih, jezikoslovnih, arheoloških, geografskih in kulturno političnih prispevkov. Njegove razprave o morju pomenijo nekakšen začetek oceanografije. V uvodu posebej poudarja, da je Slovenec in tudi kasneje velikokrat prostodušno poudarja svoje slovensko poreklo ter se navdušuje nad svojim jezikom.
Leta 1753 je prevzel stolico za nemški jezik in govorništvo na dunajski univerzi in leto kasneje na pobudo cesarice Marije Terezije izdal zelo popularno nemško slovnico za avstrijske šole. Njegovo prepričanje je bilo, da je treba pri knjižnem nemškem jeziku upoštevati tudi južnonemška narečja – med drugimi tudi štajersko. Zbral je ogromno slovarskega gradiva, tako da se nanj večkrat sklicuje avtor znamenitega nemškega slovarja Adelung, na njegovo delo se je opiral Marko Pohlin pri svojem slovarju, dobro pa so ga poznali tudi izobraženci Zoisovega kroga – zlasti Jernej Kopitar.
Po upokojitvi v letu 1766 se je nastanil v okolici Dunaja in tam leta 1774 tudi umrl. Iz dela njegove zapuščine je nastalo devet letnih štipendij, namenjenih Štajercem na graški univerzi, podeljevali so jih vse do leta 1918.
Bil je človek z nadpovprečnimi sposobnostmi, ki je slovel kot »največji učenjak takratne Avstrije, vrli filolog in naravoslovec« (Kopitar), in vrsto njegovih misli je znanost potrdila šele v naslednjih stoletjih. Hkrati je bil tudi samosvoj značaj, ki je kljub spoštovanju, ki ga je užival, veljal za čudaka in dostikrat naletel na težave.
V Vojniku je po njem od leta 2009 poimenovana Ulica Janeza Žige Popoviča.
Erstes Probestück vermischter Untersuchungen, 1749
Untersuchungen vom Meere, 1750
Die nothwendigsten Anfangsgründe der teutschen Sprachkunst, zum Gebrauche der oesterreichischen Schulen ausgefertigt, 1754
Programma de inveterato corrupti stili Germanici malo, 1754
Entwurf einer Abhandlung von Teutschen Briefen, 1760
Versuch einer Vereinigung der Mundarten von Teutschland, 1780
Der Abschnitt »Dialecti« aus den vermischten Schriften des Johann Siegmund Valentin Popowitsch (1705–1774), 2003
Vocabula Austriaca et Stiriaca, 2004
Orthographische Schriften, 2005
Glossarium Vindicum, 2007
K. Bajc: Ivan Žiga Popovič predhodnik oceanografije, v: Zbornik za zgodovino naravoslovja in tehnike, 4. zvezek, Ljubljana 1979, str. 127–143
A. Breznik: Popovičev Specimen vocabularii vindocarniolici ter Pohlinov Glossarium slavicum, v: Časopis za slovenski jezik, književnost in zgodovino, 1927, str. 91–99
Z. Bufon: Ivan Žiga Popovič kot naravoslovec in rodoljub, v: Zbornik za zgodovino naravoslovja in tehnike, 4. zvezek, Ljubljana 1979, str. 105–126
B. Cvelfar: Prvi slovenski naravoslovec in začetnik oceanografije, v: Znameniti Celjani, Celje 2004, str. 20–21
F. Jakopin, T. Wraber: Popovič, Janez Sigismund Valentin, v: Enciklopedija Slovenije, 9. zvezek, Ljubljana 1995, str. 144–145
H. Patz: Kaj so Slovenci darovali svetu, 1965
J. S. V. Popovič: Glossarium Vindicum: osnutek slovenskega slovarja iz druge polovice 18. stoletja, Ljubljana 2007
Südsteiermark: ein Gedenkbuch, Graz 1925, str. 207–223
P. Weiss: Arclinski rojak Janez Žiga Valentin Popovič (1705–1774), v: Ogledalo: glasilo Občine Vojnik, 2006, št. 53, str. 22–23