Rodil se je kot najstarejši sin v kmečki družini materi Frančiški Rogelja in očetu Srečku Pahorju. V otroštvu je pri nabiranju starega železa naletel na bombo in ob njeni eksploziji izgubil nogo. Po končani osnovni šoli je v Gorici obiskoval nižjo gimnazijo, nato pa državno klasično gimnazijo. S podporo tete iz Trsta in goriške invalidske organizacije je končal šolanje in leta 1943 maturiral.
Že pred vojno je deloval v protifašističnem duhu in v tajni skupini Slovenski fantje, med vojno pa je bil član rajonskega odbora Osvobodilne fronte.
Po vojni je študiral na Filozofski fakulteti v Ljubljani, kjer je leta 1950 diplomiral iz zgodovine. Opravil je bibliotekarski tečaj in se zaposlil v Kopru kot urednik na Radiu cone B STO, nato pa je postal upravnik študijske knjižnice.
Leta 1954 so v prostorih palače Gabrielli v Piranu ustanovili Mestni muzej in Komisijo za spomeniško varstvo, tja so preselili tudi Mestno knjižnico in Mestni arhiv. Miroslav Pahor je postal prvi ravnatelj in upravitelj vseh služb. Preselil se je v mesto, kjer je živel in delal do smrti.
Takoj se je lotil zbiranja predmetov in nastajati so začele prve muzejske zbirke: zbirka orožja, Tartinijeva zbirka, predmeti o solinarstvu itd. Sodelovanje s Ferdom Gestrinom je prineslo novo usmeritev muzeja: pomorski koncept, ki je vključeval zbiranje in preučevanje zgodovine pomorstva. Leta 1967 se je muzej tudi uradno preimenoval v Pomorski muzej »Sergej Mašera« in postal ustanova državnega pomena.
S kadrovsko okrepitvijo v sedemdesetih letih so se raziskave na področjih pomorske zgodovine, solinarstva, ribištva in arheologije intenzivirale. Maloštevilni kolektiv je zavzeto in profesionalno deloval na terenu, pripravljal razstave in stalne muzejske predstavitve.
Pahor pa ni bil samo izvrsten muzealec, ampak tudi raziskovalec starejše zgodovine obalnih mest, predvsem Pirana, in novejšega obdobja slovenskega pomorstva. Leta 1965 je doktoriral z disertacijo Socialni boji v občini Piran od XV. do XVIII. stoletja. V tem času so izhajala njegova dela, ki še danes predstavljajo temelje za raziskovanje omenjenih področij: Sto let slovenskega ladjarstva 1848-1941, Stare piranske soline, Kratek zgodovinski pregled Pirana itd.
Leta 1971 je pridobil naziv znanstvenega, leta 1978 pa višjega znanstvenega sodelavca. Leta 1974 je prejel Valvasorjevo nagrado – najvišje priznanje slovenskega muzealstva za življenjsko delo in postavitev pomorskega muzeja.
Bibliografija Pahorjevih del je bila objavljena kmalu po njegovi smrti: v zborniku Slovensko morje in zaledje obsega 150, v Zgodovinskem časopisu pa 146 enot. Razstave, dogodki, predavanja in strokovna srečanja pa so navedeni v bibliografiji razstav v zborniku, ki je izšel ob 50. obletnici pomorskega muzeja.
Leta 1987 so mu v muzeju postavili spominsko obeležje, leta 2001 pa ga je Komisija za imenovanje zaslužnih občanov občine Piran uvrstila na seznam piranskih pomembnih mož. Muzejski sodelavci so mu leta 2005 posvetili zbornik Odprti k morju.
V šestdesetih letih je Miroslav Pahor po spominih na pripovedovanje svoje none zapisoval kraške pripovedke in jih pod psevdonimom Pavle Martinc objavljal v reviji Galeb. Zbrane zgodbe so bile leta 2008 objavljene v knjigi Moja nona pripoveduje.
Pahor ostaja v spominu ne le kot vrhunski muzejski delavec in raziskovalec ter utemeljitelj zgodovine slovenskega pomorstva, ampak tudi kot človek mnogih vrlin: radoveden, pokončen, dosleden, vztrajen, resnicoljuben in pošten.
Terčon, N. Miroslav Pahor. V: Tvorci slovenske pomorske identitete, 2010, str. 173-187.Beškovnik, J. Re: primorci.si Miroslav Pahor. (elektronska pošta). Sporočilo za: Karmen Kodarin. 5. 10. 2015 (citirano 6. 10. 2015). Osebno sporočilo.