Osnovno šolo je obiskoval v rodnem kraju, nato pa je šolanje nadaljeval na škofijski gimnaziji v Šentvidu pri Ljubljani. Po maturi se je leta 1920 vpisal na študij na ljubljansko Medicinsko fakulteto, ki ga je čez tri leta nadaljeval v Zagrebu. Promoviral je leta 1928. Leta 1935 je specializiral na Internem oddelku Splošne bolnišnice v Ljubljani, kasneje je postal primarij.
Izpopolnjeval se je v Berlinu, kjer se je posvetil zlasti študiju elektrokardiografije (EKG). O tem je imel kasneje veliko predavanj, v Zdravstvenem vestniku pa je objavil številne znanstvene razprave. Danes velja za utemeljitelja slovenske elektrokardiografije, ki ji je posvetil pretežni del svojih strokovnih prizadevanj.
Poleg znanstvenega udejstvovanja je bil Henrik Heferle znan tudi kot krajevni zgodovinar. Raziskoval je zgodovino mirnske doline. O rodnem Mokronogu je napisal obširno razpravo, ki je ostala v tipkopisu, v fragmentih pa je izhajala v Dolenjskem listu.
- Zdravstveni vestnik, 1967, str. 192.
- Trg Mokronog skozi stoletja, 2003, str. 5-8.