Rodil se je v družini beneških patricijev Da Ponte, ki so Beneški Republiki dali doža (Nicolò da Ponte, 1491-1585), oglejskega patriarha (Antonio da Ponte, umrl 1429) in številne škofe. Zelo zgodaj je vstopil v red Benediktincev Kamaldolcev, 1.3.1749 je prejel mašniško posvečenje. 15.7.1776 je bil imenovan za koprskega škofa, 21.7. ga je kardinal Carlo Rezzonico posvetil za škofa. Učen in blag mož, ki je “služil, razsvetljen z apostolsko gorečnostjo, oskrboval ubožne v duhu dobrohotnosti in ljubezni, s številnimi radodarnimi darovi podpiral stolno cerkev in se odlikoval zaradi neštetih človekoljubnih dejanj”.
Bil je poslednji škof, ki je v zadnji uri beneške vladavine sklical škofijsko sinodo leta 1789 in priča okrutnim dogodkom, ki so se zvrstili v Kopru ob padcu Beneške Republike. Umrl je leta 1810 pri 83 letih in bil pokopan v cerkvici v Semedeli. Obenem je bil tudi zadnji prelat na sedežu koprske škofije. Po njegovi smrti je bil sedež koprske škofije prazen 18 let, ko se je združil s škofijskim sedežem v Trstu. V tem vmesnem obdobju je 5 stolnih vikarjev vodilo škofijo: Pietro d’Andri, Giuseppe Rossi, Nazario Marsich, Giovanni Umer, Nazario de Gavardo. Z vzpostavitvijo avstrijske oblasti je papež Leon XII. z bulo Locum b. Petri z dne 30.6.1828 prizdružil koprsko škofijo tržaški atque principaliter s sedežem v Trstu, ter določil, da se škofje nazivajo “tržaško-koprski”. 21.3.1830 je prišlo do dejanske združitve tržaško-koprske škofije. Prvi škof združene škofije je 5.2.1832 postal Matej Ravnikar.
Bonifacio Da Ponte je bil učen človek, prevedel je svetopisemsko knjigo Psalmov iz latinščine v italijanščino. Rokopis z naslovom I Salmi tradotti in italiano da Monsig. Bonifacio Da Ponte, Vescovo di Capo d’Istria hrani Osrednja knjižnica Srečka Vilharja Koper v rokopisni zbirki Rara (sign. D 12461). Kodeks ni datiran, pisava je enovita, kar kaže na delo enega prepisovalca in je dobro ohranjen.
Plemiška družina Da Ponte je prisotna v Kopru v podobi največjega in najlepšega mestnega vodnjaka, ki je reprodukcija mosta Rialto v Benetkah. Izdelavo je naročil leta 1666 podestat Lorenzo da Ponte. Škof Bonifacio Da Ponte je vnesel v svoj grb motiviko tega mostu.
Bibliografija:
Synodus Dioecesana ab illustriff. et reverendiff. D. D. Bonifacio a Ponte ordinis s. Benedicti, Congregationis Camaldulensis episcopo justinopolitano, et Comite Antignani etc. Habita in fua Cathedrali Justinopolitana Ecclesia diebus XX. XXI. XXII. Julii Anno MDCCLXXIX, Apud Simonem Occhi Typographum Episcopalem superiorum permissu, Venetiis MDCCLXXX.
I Salmi tradotti in italiano da Monsig. Bonifacio Da Ponte, Vescovo di Capo d’Istria (rokopis, Osrednja knjižnica Srečka Vilharja Koper, Zbirka Rara).
La Sulamide (rokopis, Osrednja knjižnica Srečka Vilharja Koper, Zbirka Rara).
Giacomo BONIFACIO, Cenni storici e statistici della diocesi di Capodistria, Trieste 1896, str. 8-10.
Domenico VENTURINI, Guida storica di Capodistria, Capodistria 1906, str. 24-25, 93.
Francesco BABUDRI, Cronologia dei vescovi di Capodistria, v: Estratto dall’ Archeografo Triestino, III Serie, Vol V, Fasc. 1(1909)62-63.
Ivan MARKOVIĆ – Peter ŠTOKA, Knjižna dediščina Osrednje knjižnice Srečka Vilharja Koper=I beni librari della Biblioteca centrale Srečko Vilhar Capodistria, Koper Capodistria 2011, str. 29.