Rodil se je v kmečko delavski družini kot prvorojenec materi Justini Dobravec in očetu Janezu, ki je bil zidar. Najprej je obiskoval osnovno šolo v domačem kraju, med drugo svetovno vojno se je izobraževal predvsem ob pomoči domačega župnika Ivana Rejca. Šolanje je nadaljeval v malem semenišču v Gorici, na nižji gimnaziji v Idriji ter v malem semenišču v hrvaškem Pazinu. Med letoma 1951 in 1957 je študiral na Teološki fakulteti v Ljubljani, mašniško posvečenje je prejel leta 1957 v Šebreljah. Prvi dve leti duhovništva je služboval v Ligu nad Kanalom, potem pa je bil imenovan za župnijskega vikarja v Vipavi. Ob delu je na izrednem študiju na Oddelku za klasično filologijo Filozofske fakultete v Ljubljani študiral latinski in grški jezik s književnostjo in leta 1964 diplomiral. Kasneje je predaval grščino, latinščino in filozofijo na vipavski škofijski gimnaziji ter latinski jezik na Teološki fakulteti v Ljubljani.
Leta 1967 je bil imenovan sprva za župnijskega upravitelja, potem pa za župnika v Podragi, kjer je služboval vse do svoje smrti.
Bil je aktiven in odličen prevajalec: prevajal je Koncilske odloke (1966) in Molitveno bogoslužje (1976), sodeloval je tudi pri velikem projektu prevajanja Svetega pisma ob 400. obletnici Dalmatinove Biblije. Svoje strokovno znanje je izkazoval tudi pri prevajanju Izbranih filozofskih spisov Tomaža Akvinskega.
V prvi vrsti je bil duhovnik, pedagog in prevajalec, njegovo delovanje pa je segalo tudi na različna druga področja, kot je denimo sodelovanje pri pripravi radijskega kviza Quo vadis. Znane in obiskane so bile njegove duhovne vaje za duhovnike. Iz njih so izšle tudi nekatere njegove knjižne izdaje. Približno tri leta je sodeloval kot tajnik pri Mohorjevi družbi.
Vipavci se ga spominjajo tudi kot radoživega in vnetega pohodnika. Bil je član Planinskega društva Vipava, nekaj let tudi prvi in edini duhovnik s funkcijo predsednika društva. Za sodelovanje pri urejanju Furlanove plezalne poti na Gradiško turo je prejel srebrni častni znak Planinske zveze Slovenije. V tem oziru so mu po smrti uredili romarsko pohodniško pot – Otmarjevo pot, ki povezuje enajst cerkva v okolici Podrage.
Njemu v čast je v Podragi postavljen doprsni kip, po smrti pa je bil razglašen za častnega občana Vipave.
Latinska vadnica, 1985
Obiskal sem samega sebe, 1992
Hvalite Gospoda, ker je dober, 1994
Knjiga modrosti in Sirahova knjiga, 1995 (prevajalec)
Sveto pismo Stare in Nove zaveze: slovenski standardni prevod iz izvirnih jezikov, 1996 (prevajalec)
Stati in obstati, 1999
Kodre, L. Prof. Otmar Črnilogar: 1931-1999. Planinski vestnik, jul./avg. 1999, let. 99, št. 7/8, str. 364.
Kralj, F. Otmar Črnilogar: in memoriam. Mohorjev koledar, 2000, str. 226–230.
Mezinec, P. Duhovnik za ta čas. Pravzaprav za vse čase: Otmar Črnilogar, znameniti podraški župnik, prevajalec Svetega pisma – planinec, ki se je na poti ustavljal, da bi si prižgal cigareto. Primorske novice, mar. 2014, let. 68, št. 55, str. 20–21.
Primorski slovenski biografski leksikon: 4. snopič. Gorica: Goriška Mohorjeva družba, 1977, str. 250.