Očetu Francu in materi Antoniji se je rodil kot predzadnji od desetih otrok. Osnovno šolo je obiskoval na Predmeji, nadaljeval pa v Podkraju in Novi Gorici. V Tolminu in Ajdovščini je opravil gimnazijo, potem pa je vpisal študij slovenščine in srbohrvaščine na Pedagoški akademiji v Ljubljani. Diplomiral je leta 1972.
Svojo učiteljsko pot je začel na Osnovni šoli na Otlici, kasneje v Vipavi. Potem je delal kot tajnik občinske kulturne skupnosti v Ajdovščini. Od leta 1978 pa vse do upokojitve je poučeval materinščino na Osnovni šoli Col. Prav tam se je začela njegova pot zbiratelja ljudskega izročila. Pri tem so mu pomagali tudi njegovi učenci, ki so mu prinašali zapise in pripovedovanja svojih staršev in starih staršev. Šolsko glasilo Javorov list, ki je v začetnih letih izhajalo kar štirikrat letno, je prepolno zgodb o ljudeh, ki so živeli na območju Gore. Ljudsko izročilo Gore in Zgornje Vipavske doline je Černigoj zbral tudi v več knjižni izdajah – če naštejemo le nekaj najbolj znanih del: Javorov hudič, Nace ima dolge tace, Mož in čemerika in Znamenje na Gori ...
Že v srednji šoli je pisal pesmi, njegova prva je bila objavljena v Idrijskih Kapljah, leta 1966. Kasneje je izdal tudi več pesniških zbirk.
Živi v Ajdovščini, a se rad vrača na Goro. Tam se je več let aktivno udejstvoval v Društvu za ohranjanje in varovanje naravne in kulturne dediščine Gora, najsi bo kot urednik in pisec pri časopisu Gora ter zbornikih in brošurah društva ali kot vodič turističnih skupin po Gori. Delo urednika je opravljal tudi pri številnih zbornikih lovskih družin, nazadnje zbornika Sledi in sledovi lovske družine Javornik, katere član je tudi sam.
Je tudi član Društva slovenskih pisateljev. Za svoje pedagoško delo in zavzeto delovanje na področju ohranjanja ljudske dediščine je prejel že več nagrad.
Pesniške zbirke:
Svetlobne luske, 1975
Vlažni žarki: 12 pesniških listov. Praoblike: 12 grafičnih listov, 1975 (skupaj z Lucijanom Bratušem)
Krušeči se sejalec, 1978
Nerezine, kaligrafska bibliofilska izdaja, 1980 (skupaj z Lucijanom Bratušem)
Amanita, 1989
Iz vode dlan, 1990
Gora in pesem, 1998 (izbor)
Cin cin cin, Cene: otroške ljudske od Čavna tja do Nanosa, 2004 (zbral in uredil)
Nace ima dolge tace, 1996, 2018 (zbral in uredil)
Proza:
Javorov hudič, 1988
Mož in čemerika, žalostne in vesele z Gore in iz Dežele, 1997
Pot po Dolu gor in dol, 1999
Znamenje na Gori, 1999
Gora nad Deželo: od Čavna tja do Nanosa, 2009, 2013
Hoja za besedo … po poteh Dežele: ljudska besedila iz Zgornje Vipavske doline, 2012
Po sledu za besedo, 2015
Uredniško delo:
Njena podoba, 1996
Svet od Granate do Črnega roba, 1999
Mati Gora, 2001
Zbornik LD Trnovski gozd, 2001
Semenje javorovo, 2002
Zelene stečine II, 2002
Edmund Čibej – Zbrani spisi, 2005
Tod hodimo Vrhovci, 2006
Deset let kasneje, 2006
Anton Pegan: Indija Komandija, 2007
Iz Lovca – z besedo in črto po Trnovskem gozdu: Lovec 1911 – 2011, 2011
Tod hodimo Vrhovci II, 2016
Sledi in sledovi, 2016
Jože Leban – Drolč: Včasih, ko v Grapi prespim, 2018
Petomajsko priznanje občine Ajdovščina (1989)
Najdražji učitelj (Beograd, 1989)
Nagrado RS na področju šolstva (za posebno uspešno vzgojno-izobraževalno delo v osnovnem šolstvu, 1995)
Osebna bibliografija cobiss: https://plus.si.cobiss.net/opac7/bib/search?c=ar=1337955
Černigoj, F. Re: Vključitev na portal Obrazi slovenskih pokrajin (Primorci.si). Sporočilo za: Lavričeva knjižnica Ajdovščina. 15.12.2021 (citirano 12.1.2022). Osebno sporočilo.
Humar, V. »Če bi se res učili na napakah zgodovine, bi bili že idealni«. Franc Černigoj, pesnik, pisatelj, učitelj in zbiratelj ljudskega gradiva o spreminjanju sveta in pomembnosti otroštva.
Koren, B. Življenje in delo Franca Černigoja: diplomsko delo. Col: [B. Koren], 2013.
Primorske novice, 2016, let. 70, št. 76, str. 12–14.
Primorski slovenski biografski leksikon: 1. snopič. Gorica: Goriška Mohorjeva družba, 1974, str. 234.