Sin Bonifacia, pravnega izvedenca in svetovalca v mestu Rovigo in grofice Paole Corniani, tudi iz roviške družine pravnikov; doktor prava, teologije in književnosti. Ima dva brata, Gaspareja in Melchiorreja. Šolo je obiskoval v Veroni pri jezuitih, v Rovigu je pri prof. Antoniu Riccobonu študiral grščino in latinščino in v Padovi je diplomiral iz prava. V Rovigu je pravno zastopal s psevdonimom »Pietr’Antonio Salmone, profesor retorike« strica Giovannija v civilni tožbi proti knezu G. B. Guariniju s spisom »Difesa dell’orazione del Sig. Gio. Bonifacio giureconsulto per lo trasporto in Rovigo del corpo di S. Bellino contra le ragioni del cav. Battista Guarino, con le quali cerca d’impedirlo« (Parigi [Padova] 1609). Beneški senat je v zadevi »Guarina« ugodil Bonifaciu ter preprečil odtujitev relikvij sv. Bellina, ki so tako ostale v zaledju Roviga. Kot tajnik kneza Girolama iz Porzije, škofa v Adriji in Rovigu in nuncija v severni Nemčiji, je prenesel nadvojvodi in kasnejšemu cesarju Matiji sporočilo papeža Pavla V. o namenih rimske kurije. Ob vrnitvi iz Nemčije se za nekaj časa nastani v Rimu, kjer naveže nova prijateljstva, v Rovigo se vrne v duhovniških oblačilih, ki jih je prejel leta 1611, leta 1615 postane nadduhovnik (arhiprezbiter). Leta 1619 postane profesor grščine in latinščine na padovanski univerzi, vendar ni sprejel katedre, da bi se lažje posvetil pisanju in študiju. Leta 1620 je med ustanovitelji Akademije plemičev (Accademia dei Nobili) v Benetkah, kjer je poučeval civilno pravo.
Med tem je izdal s prijateljem G. B. Vantijem zbirko sonetov »Castore e Polluce« (Venezia 1618), komentar je napisal brat Gaspare. Izdal je tudi knjigo latinskih napisov »Stichidion libri XVIII« (Venetiis 1619) in govor »Dell’aristocrazia« (Venezia 1620). Objavil je tudi teološki razpravi v sporu z beneško judinjo Saro Coppio Sullam »Dell’immortalita’ dell’anima« (Venezia 1621) in »Risposta al manifesto della Signora Sarra Copia« (Venezia 1621). Italijanske rime so akademski prispevek utrujenemu petrarkizmu: hladno sestavljene z izraznim načinom Seicenta, ponujajo znano ljubezensko in versko tematiko. Latinski spisi sledijo Marcialu, z grškimi prevodi pokaže spretno obvladovanje jezika in metrike, vendar gre zgolj za literarne poskuse s tradicionalno tematiko. Kasneje so za časa življenja prerasli v zbirko desetih knjig »Musarum seu latinorum poematus pars prima« (Venetiis 1646), pri čemer je želel napisati 40 knjig, kar pa mu ni uspelo: rokopisi obsegajo 34 knjig. Sledi tragedija »Amata« (Venezia 1622) ter dva najpomembnejša spisa »Lettere poetiche per difesa e dichiarazione della sua tragedia« (Venezia 1622) in »Elogia Contarena« (Venezia 1623).
Leta 1623 se je vrnil v Rim z odposlancem Angelom Contarinijem, ki je bil zadolžen od beneškega senata, da mu priskrbi škofovsko službo. Papež Urban VII. mu je ponujal škofovski sedež v Sitiji in Hierapetri na Kreti (it. Candia), vendar je odklonil zaradi slabotnega zdravja in oddaljenosti. V zameno je dobil mesto arhidiakona v Trevisu, skupaj s službo vikarja in drugimi škofovskimi častmi. Bil je tudi zasliševalec (konzultor) pri sv. Uficiju (inkvizicija) v Trevisu. Nadaljeval je svoje literarno delo. Spisi iz tega obdobja: »De quadragenis Romanae historiae scriptoribusiudicium« (Venetiis 1627), »Oratio in exequiis Paulae Comianae, matris meae« in »Vita Bonifacii, Bonifacii jurisc. et assessoris patris mei« (Venetiis 1629), »De archivis, liber singularis« (Venetiis 1632). Ohranila se je njegova »Historia ludicra, ex omni disciplinarum genera selecta, libri XX« (Venetiis 1652), ki je doživela ponatis v Bruslju (Bruxelles 1656).Leta 1636 je ustanovil z dekretom Beneške republike v Padovi Akademijo beneških plemičev (Accademia dei Nobili Veneziani).
Bil je varovanec kardinala Chigija, znanega »ljubitelja virtuozov in slavnih«. Papež Inocenc X. ga je 24.11.1653 imenoval za koprskega škofa in 30.11. ga je kardinal Marcantonio Brigadin posvetil v škofa. V Kopru je najprej obiskal vse delujoče cerkve in samostane, tedaj jih je bilo nad 40 na otoku. Nato se je odpravil na vizitacijo v Piran, kjer je obiskal kapitelj s sedmimi kanoniki, spremljal dela na votivni cerkvici sv. Roka pri Beneških vratih. Nato se je odpravil v Izolo, kjer so ga sprejeli kapitelj s štirimi kanoniki, duhovščina in bratovščine. Ravno v tem času je Izola izgubila enega izmed najbolj učenih ljudi, frančiškana Bonaventuro Tamarja, pisca literarnih in verskih del. Koprski stolnici je dodal dva kanonikata: s prvim, imenovanim »della monacaria« je ukinil blagajnika (it. cassiere) in vzpostavil zakladnika (it. tesoriere); drugega je poimenoval po sebi »Bonifacio«, s čimer je pooblastil kapitelj, da ga imenuje v času, ko je škofijski sedež izpraznjen. S tem je povečal na dvanajst število kanonikov koprske stolnice, ki so imeli pravico imenovanja novih pastirjev (kuratov) v župnijah Tinjan, Koštabona in Pomjan ter pravico obhajanja bogoslužja v izolski cerkvi v času zavetnih praznikov. V Kopru je tako delovalo nad 30 duhovnikov. Čeprav je bil velik teolog in humanist se je veliko zavzemal za slovesnosti in veličastja, morda, ker je izhajal iz plemiške družine. Zlasti pri slavnostnih pontifikalnih mašah je veliko težo pripisal zborovskemu delu. V ta namen je glasbeno izvedbo zaupal velikim maestrom organistom kot npr. Filippo Parisi iz Pistoje, ki se je mudil v Kopru na velikonočne praznike leta 1659. Obiskal je tudi bližnje župnije in posvetil novo zgrajene cerkve sv. Marije v Šmarjah in sv. Križa v Rakitovcu. Vizitiral je tudi vikariat Kubed, ki je imel sedem župnij in nad 40 cerkva in kapelic, vikariat Krkavče in župnije Koštabono, Kaštel in Korte. Ob povratku se je ustavil v Padni. V Krkavčah, v cerkvi sv. Mihaela, ki je bila obnovljena v času njegovega predhodnika škofa Pietra Morarija (1630-1652), je sprejel tukajšnje duhovništvo in bratovščine. Posvetil je tudi cerkev Karmelske matere božje v Pučah.
V tem času smo priče turškemu osvajanju beneških ozemelj. Po padcu Krete je beneški senat odločil, da se obzidajo vsa posestva v laguni, Istri in Dalmaciji. Zaradi preteče nevarnosti je papež Klemen VII. ugodil zahtevam Benečanov, da je odstopil določena posestva v lasti redovnikov, s čimer je gmotno podprl gradnjo obrambnega zidovja. V Kopru je to prizadelo dominikance, ki jih je ukinil. Na srečo niso razprodali celega premoženja, kajti odlok je bil kratkega veka. Z odlokom, dukalom dne 28.6.1658 so se dominikanci lahko vrnili z vsemi pravicami in premoženjem, pod pogojem, da zmanjšajo število redovnikov v samostanski skupnosti.
Junija 1658 je posvetil cerkvico sv. Marka v bližini Hrastovelj, v župniji Kubed. Ob tej priložnosti je obiskal župnijsko okrožje Sočerga in se podal do Movraža, enemu izmed najbolj oddaljenih krajev škofije, kjer je posvetil obnovljeni cerkvi sv. Petra in sv. Katarine. Ustavil se je tudi v manjšem zaselku Trebeše, kjer so nekoliko let poprej zgradili cerkev sv. Martina in uredili pokopališče.
Moralno in materialno je podprl koprski kapitelj, ki mu je v zahvalo postavil napis nad stolnim korom. Podobno kot Karel V. je želel, da mu priredijo pogrebno slavje še za časa življenja. Žalno slovesnost je vodil stolni dekan kanonik Aurelio de Belli, ki je umrl mesec dni za škofom. Škof je bil pokopan ob znožju oltarja sv. Epifanije (ali sv. Treh kraljev), na vrhu kora, ki ga je dal tudi postaviti.
Leta 1632 je škof Baldassare Bonifacio objavil pionirsko delo »De Archivis Liber singularis« v Benetkah. Zdi se, da je to prva samostojna publikacija o arhivih. Vsebuje kratke informacije o zgodovini in pomenu arhivov in tudi nekaj o upravljanju arhivskih zbirk.
Rovigo, Biblioteca Comunale: Ms. Concord, str.145; Zibaldone per la mia bibl. degli ill. scritt. rodigini, v:Ms. Concord. 1-26, busta 20; Misc. rodigina.
Loredano, G. F.: Le glorie degli Incogniti, Venezia 1647, str. 74-79.
Mazzuchelli, G. M.: Gli Scrittori d’Italia, II, 3, Brescia 1762, str. 1644sl.
Babudri, F.: Cronologia dei vescovi di Capodistria, v: Archeografo triestino, s. 3, V, (1909), str. 232sl.
Born, L. K.: Baldassare Bonfiacio and his Essay De Archivis, v: The American Archivist, IV, (1941), str. 221-37.
Rossi, L.: “Bonifacio, Baldassare”, v:Dizionario Biografico degli Italiani, vol. 12, Roma 1971.
Luglio, V.: L’ antico vescovado giustinopolitano, Trieste 2000, str. 177-181.