Rodil se je lesnemu trgovcu Ferdinandu in učiteljici Avgusti, rojeni Uršič. V letih 1902 – 1907 je v Podgori pri Gorici obiskoval osnovno šolo, nato v Gorici tri razrede nižje gimnazije, eno leto pripravnice za učitelje in v letih 1911–15 učiteljišče. Bil je član srednješolske organizacije Preporod, prišel je v stik tudi z organiziranimi mizarskimi delavci v Solkanu in prek Jožeta Srebrniča s socialnimi idejami. Aprila 1915 mobiliziran v vojsko avstroogrske armade. Po vojni se je zaradi italijanske zasedbe Gorice novembra 1918 umaknil v Ljubljano. Že decembra se je pridružil Maistrovim borcem za Koroško v Libeličah, ob premirju junija 1919 pa je ostal do avgusta še v vojski v Dravogradu.
Svojo prvo učiteljsko službo je opravljal v Žrelcu pri Celovcu (okt. 1919 – okt. 1920). Ko pa je Koroška po plebiscitu leta 1920 pripadla Avstriji, se je vrnil v Slovenijo. Nato je bil učitelj v Leskovcu pri Krškem (1920/21), v Gorjah pri Bledu (1921/22) in na Srednji Dobravi pri Kropi (1922–40, od 1924 je bil šolski upravitelj). Odlikovala ga je široka pedagoška razgledanost in večplastno pedagoško delovanje. Učno snov je povezoval z življenjem, uvajal neke vrste samoupravo in tako vzbudil med učenci izredno delavnost in zavestno disciplino. Leta 1928 je ustanovil kmečko večerno nadaljevalno šolo za odrasle. Leta 1933 je ustanovil Društvo kmečkih fantov in deklet, ki je bilo leta 1935 prepovedano. Spodbujal je gospodarski in kulturni razvoj Dobrave in okolice z zadružništvom in drugimi kolektivnimi dejavnostmi. Bil je tajnik učiteljskega društva v Radovljici in prek njega uveljavljal med pedagogi napredne zamisli.
V Komunistično partijo Jugoslavije je bil sprejet že leta 1920. Ustanovil je partijske celice na Dobravi, v Otočah, v Ljubnem, v Lescah in na Črnivcu. Od 1936 je bil sekretar jeseniškega okrožnega komiteja KPJ. Istega leta je sodeloval pri organiziranju stavke tekstilnih delavcev v Kranju, nato pa še pri ustanovitvi tekstilne zadruge na Otočah. Po letu 1937 je kot član CK KPS usmerjal delovanje organizacij KP na Gorenjskem. Njegovi politični nasprotniki so dosegli, da je bil novembra 1940 odpuščen iz učiteljske službe. Z družino se je preselil k sestrama v Ljubečno pri Celju in bil pomožni občinski tajnik v Škofji vasi. Konec aprila 1941 se je na poziv CK KPS preselil v Ljubljano. Tu je deloval kot član Glavnega poveljstva slovenskih partizanskih čet. Julija in avgusta 1941 je na Gorenjskem vodil priprave na oboroženo vstajo ter delal tudi v pokrajinskem vodstvu OF in KPS. Politično je usmerjal dejavnost gorenjskih partizanskih enot, zlasti Cankarjev bataljon v bojih v Poljanski dolini in v tridnevni bitki v Dražgošah. Nemške okupatorske oblasti so nanj razpisale denarno nagrado. Sredi januarja 1942 je razdelil Cankarjev bataljon na manjše enote in jih razposlal po vsej Gorenjski z nalogo, da nadaljujejo z bojem in spomladi preidejo v splošno ofenzivo. V izredno ostri zimi je s štabom Cankarjevega bataljona vztrajal med borci Selške čete. Zaradi izdaje so Nemci 27. marca 1942 četo obkolili na Rovtu pri Crngrobu. Po poldrugi uri boja so se partizani odločili prebiti obroč, vendar se jih je rešilo le 17, na bojišču pa je obležalo 15 soborcev in med njimi Stane Žagar. O njegovi smrti so nemške oblasti izdale posebno obvestilo in hkrati napovedale še konec gorenjskega partizanstva. Leta 1945 je bil prekopan v partizansko grobišče na Srednji Dobravi. Za narodnega heroja Jugoslavije je proglašen 5. julija 1951.
Ob obletnici njegove smrti so v letih 1966-1994 podeljevali najboljšim slovenskim pedagogom po njem imenovane Žagarjeve nagrade. Na Gorenjskem se po njem imenujeta dve osnovni šoli: ena v Lipnici pri Kropi, druga pa v mestu Kranju. Pred vojašnico na Kokrici pri Kranju, tedaj imenovano po njem, so leta 1967 postavili njegov bronasti doprsni kip, kiparja Staneta Keržiča.
F. Strmnčnik in I. Križnar: Leksikon Slovenije; zvezek 15, Ljubljana, 2001 , str. 284
Osebnosti od M do Ž, Ljubljana 2008, str. 1351
M. Hanc: Navdušili so s staro šolo : učenci OŠ Staneta Žagarja Kranj predstavili šolo v starih časih in zmagali na regijskem tekmovanju, Delo 2007, št. 71 (27. mar.), str. 6
B. Bačnik: Tabor na obisku. Rod Stane Žagar – mlajši Kranj, Tabor : taborniška revija 2005, št. 3, str. 24-26
H. Jelovčan: Spet zlati Žagarjevi zgodovinarji : uspešni v znanju in raziskovanju, Gorenjski glas 1999, št. 49 (22. jun.), str. 19
S. Fatur: In vendar je bil Stane Žagar velik človek in velik učitelj, Delo 1995, št. 6 (9.I.), str. 4
Ciril Rozman, Janez Šmitek, Franc Hrovat (zbrali in uredili) Smučarski tek patrol : v spomin n.h. Staneta Žagarja, [18. 2. 1984 na Dobravi pri Kropi], Organizacijski odbor, Dobrava pri Kropi, 1984
V. Čopič: Stane Žagar – ljudski učitelj : življenjepis, Zbornik za historiju školstva i prosvjete, letn. 2 (1965), str. 5-36
Narodni heroj Stane Žagar, Železar, 1961, str. 65-67
Narodni heroji (fotoalbum) 1945, Kranj