Po opravljeni maturi na ljubljanski gimnaziji se je vpisal na študij Medicinske fakultete v Ljubljani, kjer je leta 1952 diplomiral.
Službovati je začel na urološkem oddelku Splošne bolnišnice v Mariboru (1954‒1973), kjer je opravil specialistični izpit iz urologije (1960). Po letu 1965 je bil večkrat na strokovnem izpopolnjevanju v Nemčiji iz endoskopske operativne tehnike, za bolnike manj invazivne in prijaznejše metode kirurškega zdravljenja starostno povečane prostate in tumorjev sečnega mehurja. Leta 1968 je v Mariboru opravil prvo transuretralno operacijo prostate v Jugoslaviji. Ko je leta 1974 prišel v Splošno bolnišnico Slovenj Gradec, je začel razvijati urološko dejavnost in samostojen urološki oddelek, ki je pod njegovim vodstvom postal dobro organiziran in visoko strokovno usposobljen. Leta 1978 je postal primarij. Svoje delo je opravljal do upokojitve leta 1991.
Opravil je pionirsko delo na področju endoskopske in laparoskopske operativne tehnike. Po njegovi zaslugi si je urološki oddelek slovenjgraške bolnišnice pridobil velik ugled med pacienti in strokovno javnostjo. Pri njem so se novih operativnih tehnik učili številni urologi iz takratne Jugoslavije in tujine. Da bi olajšal učenje, je leta 1977 skonstruiral medicinski aparat, fantom za transuretralne operacije, na katerem so učenci vadili novo operativno tehniko. Model naprave je kasneje prevzelo podjetje Storz, priznani nemški proizvajalec medicinske opreme.
Zaradi obsežnega znanja in pionirstva na svojem področju je kot predavatelj sodeloval na številnih strokovnih srečanjih in objavil več strokovnih prispevkov v domačih in tujih strokovnih revijah.
N. Vodopija: Primarij Bojan Pirkmajer, dr. med., 80-letnik, Večer, leto 60, št. 63 (16. 3. 2004), str. 13.
N. Vodopija: V spomin: Prim. Bojan Pirkmajer (1924‒2014), Večer, leto 70, št. 182 (7. 8. 2014), str. 24.
