Rojena je bila v znani obrtniški družini Hernja v Ormožu, ki se je leta 1955 preselila na Ptuj. Njen oče je bil poznan kot zadnji ptujski lončar. Obiskovala je tedanjo Osnovno šolo Toneta Žnidariča (današnja Mladika), nato ptujsko gimnazijo in leta 1969 maturirala. Leta 2007 je ob delu diplomirala na Oddelku za zgodovino Filozofske fakultete Univerze v Mariboru.
Vso svojo aktivno delovno dobo (1971–2011) je bila zaposlena kot arhivistka v Zgodovinskem arhivu na Ptuju, kjer je bila njena poglavitna dejavnost skrb za starejše arhivsko gradivo. V okviru svojega znanstvenega dela, ki ga je posvetila raziskovanju starejše zgodovine ormoško-ptujskega območja, je izvedla mnoga predavanja in znanstvene simpozije ter pripravila številne razstave. Med najpomembnejše projekte, ki jih je vodila, spada raziskovanje in obdelava obeh ohranjenih ptujskih statutov (1376 in 1513), za katera so izdali tudi faksimile. Pod njenim vodstvom so na temo ptujskih statutov izvedli več znanstvenih simpozijev, izdali zbornik razprav in različne publikacije. Raziskala je tudi pečate in grb mesta Ptuja, ptujske meščane, mestno hišo, njena zadnja obsežna raziskava pa je bila posvečena zgodovini dominikanskega samostana. Kot urednica zbornikov je sodelovala s številnimi društvi (PGD Ptuj, Lovska družina Leskovec, NK Drava Ptuj idr.) ter občinami in kraji (Žetale, Cirkulane, Kidričevo, Središče ob Dravi idr.). Mnogim osnovnošolcem, dijakom in študentom je pomagala pri pripravi raziskovalnih nalog. Prizadevala si je tudi za popularizacijo in prepoznavnost arhivske stroke na Ptuju in v širšem slovenskem prostoru, med letoma 1996 in 1998 pa je bila predsednica Arhivskega društva Slovenije.
Ob znanstveno-strokovnem delu je ves čas aktivna tudi na področju kulture in turizma. Je soustanoviteljica društva Cesarsko-kraljevi Ptuj, ki ima poudarek na bogati srednjeveški zgodovini Ptuja, v sklopu zgodovinskih mest sodeluje pri prireditvi imenovani Prangerjada, v okviru društva Poetovio 69 vključuje znanstvena in strokovna spoznanja tujih in domačih predavateljev v turistično prireditev Rimskih iger, izbira in oblikuje zgodovinske osebnosti za prince karnevala na ptujskem kurentovanju, aktivna pa je tudi kot turistična vodnica.
Leta 2013 je zaradi izjemnih dosežkov pri ustvarjanju bogatega bibliografskega opusa in zaslug pri pomenu, promociji ter razvoju Mestne občine Ptuj postala častna občanka.
Izbor:
Urbarji gospoščine Hrastovec: 1555–1848, 1993
Vpisna knjiga meščanov mesta Ptuja: 1684–1917, 1995
50 let lovske družine Leskovec: 1946–1996, 1997 (urednica)
Statut mesta Ptuj 1376, 1998 (soavtorica)
Statut mesta Ptuj 1513, 1999 (soavtorica)
Prostovoljno gasilsko društvo Ptuj: 1870–2000: 130 let prostovoljnega dela, 2000 (urednica)
50 let živinorejsko-veterinarske službe v Podravju, 2003 (urednica)
Žetale in Žetalanci nekoč in danes, 2004 (sourednica)
100 let dela v selekciji in kontroli prireje mleka na Slovenskem, 2004 (urednica)
Mestni pečati in grb mesta Ptuj, 2004
Ormož skozi stoletja V, 2005 (glavna urednica)
Cirkulane: svet Belanov, 2005 (sourednica)
Urbar gospoščine Gornji Ptuj 1597: arhivska obdelava in njegova znanstvena uporaba, 2008
Kratki vodnik po Ptuju, 2009 (sourednica)
Vodnik po fondih in zbirkah zgodovinskega arhiva na Ptuju – ZAP, 2009 (glavna urednica)
Dominikanski samostan na Ptuju, 2009 (urednica)
Zbornik občine Kidričevo, 2010 (sourednica)
Središče ob Dravi: kronika 1910–2010, 2011 (sourednica)
Dajmo plavi, dajmo Drava!: 80 let nogometne Drave Ptuj, 2013 (urednica)
Gasilsko društvo Videm: 1923–2013: 90-letnica Prostovoljnega gasilskega društva Videm pri Ptuju, 2013
- priznanje oljenka Mestne občine Ptuj, 1994 in 2000
- priznanje velika oljenka Mestne občine Ptuj, 2008
- častna občanka Mestne občine Ptuj, 2013
- Aškerčeva nagrada za življenjsko delo na področju slovenske arhivske dediščine, Arhivsko društvo Slovenije, 2020
- častna članica Arhivskega društva Slovenije, 2024
S. Cafuta Terček: Marija Hernja Masten, častna občanka Mestne občine Ptuj, Ptujčan, št. 7/8 (26. 7. 2013), str. 4.
S. Podbrežnik: Obudila cesarsko-kraljevi Ptuj: Marija Hernja Masten je častna občanka Ptuja, Večer, št. 180 (6. 8. 2013), str. 23.
M. Goznik: Vedno sredi novih izzivov: predstavljamo prejemnike letošnjih oljenk, št. 14 (6. 4. 2000), str. 6.
M. Goznik: »Za arhivarje velja pravilo stare slivovke …«: pogovor z Marijo Hernja Masten, prejemnico velike oljenke, Štajerski tednik, št. 12 (12. 2. 2008), str. 4.
M. Goznik: »Ljudje morajo živeti z mestom in se z mestom dvigovati …«: pogovor z Marijo Hernja Masten, Štajerski tednik, št. 4 (14. 1. 2014), str. 6.
I. Fras: Marija Hernja Masten. V: M. Hernja Masten: Urbar gospoščine Gornji Ptuj 1597: arhivska obdelava in njegova znanstvena uporaba, Ptuj, 2008.