Rojen v Kopru očetu plemiču Giacomu, brat mnsg. Aurelia, tajnika papeža Klemna VII., in odpadlega škofa Petra Pavla. Dne 15.1.1532 ga je omenjeni papež imenoval za puljskega škofa in tisto cerkev vodil 16 let. Iz obstoječe dokumentacije v škofijskem in kapiteljskem arhivu v Pulju je razvidno, da je vzorno vodil tisto cerkev, leta 1536 je sklical sinodo poimenovano Constitutiones synodales dioecesis polensis, kjer so podani zdravi in zanimivi ukrepi, skladni z značajem in običaji tedanjega časa. Umrl je v Kopru junija 1548, sumi se, da so ga zastrupili. Pokopan je bil v začasnem prostoru pri stranskih vhodnih vratih v stolnico, kjer so škofje prihajali v cerkev. Baje naj bi leta 1572 vzeli njegove kosti i in jih vrgli iz Belvederja v morje, kajti škof je veljal za krivoverca. Zaradi tega pripetljaja so se Pirančani, večni nasprotniki Justinopolitanov (Koprčanov), norčevali iz njih, češ, da utapljajo svoje škofe (it: annega vescovi).
Zaradi takšnega prepričanja so ga vsi spoznali za krivoverca, zlasti Ughelli v spisu Italia sacra je razširil najbolj neverjetne zgodbe o njem, kot so izkrivljene in čudne zgodbe, ki krožijo med prebivalci Pulja. Splošno mnenje o njem je, da ga je drugi katoliški škof dal izgnati, prebegnil naj bi v Ženevo, kjer naj bi ga papež odstavil, v Švici naj bi umrl kot krivoverec.
Tudi Koprčan Girolamo Muzio omenja G. B. V. v svojih Katoliških spisih, v 3. knjigi v pismu naslovljenem kardinalu diakonu v Neaplju, bodočemu papežu Pavlu IV., datiranem 21.1.1554, zapiše: »Da je lažni koprski škof Vergerij krivoverec, je toliko bolj očitno katolikom, da ni potrebno iskati dokazov. Da pa je njegov brat, puljski škof, istega mišljenja, še ni znano povsod v Istri, tudi njegova sramota še ni javno razglašena. Slednji je umrl v Kopru, še preden so brata pregnali: umrl je kot luteranec, brez prejetja zakramentov spovedi in poslednjega maziljenja, s prezirom do običajev in navad v cerkvi: bil je pokopan v svetem kraju, in v svetem kraju še počivajo tiste kosti sovražne svetim stvarem. Molčal sem vse do tega trenutka…«.
Pietro Stancovich je v svojem znamenitem delu Biografia degli uomini distinti dell’Istria (Trieste 1828) zavrgel zmotno prepričanje, ki ga podajajo Ughelli, Coleti ter Muzio v Vergerianiah in v Katoliških spisih. Pri rehabilitaciji svojega ljubljenega škofa (avtor je pripadal tej škofiji) je raziskal uradno dokumentacijo, pisma in vire v Apostolski knjižnici v Vatikanu. Iz omenjenih uradnih virov je razvidno, da G. B. V. niso nikoli odvzeli škofovsko čast, niti ni umrl v Ženevi, ampak je umrl kot škof v svoji domovini v Kopru, meseca junija ali julija leta 1548, medtem, ko je bil M. Antonio Elio nameščen kot njegov naslednik za puljskega škofa dne 27.8.1548, kot zabeleži Pallavicini (Istor. Conc. Di trento T. XIV, str. 86).
»In concistorio die 17 augusti 1548 referente R.mo de Sancta Cruce, providit (Paulus III. P. M.) Ecclesia Polensi, tunc per obitum bonae memoriae Joanne Baptistae (Vergerio), extra romam curiam defuncti, vacanti, da persona Dom. Antonii (Elio), et cum retentione obtentorum, etc.« (Acta concistorialia, Vol. I, str. 463). M. Antonio Elio je postal puljski škof po smrti (per obitum) G. B. Vergerija, zaradi česar zagotovo ni bil odstavljen; konzistorij ga opisuje z nazivom bonae memoriae, s čimer naglasi, da je umrl kot katoliški škof, v objemu Katoliške Cerkve. Petru Pavlu Vergeriju je bila odvzeta škofovska čast v konzistoriju dne 3.8.1549, kot navaja Farlati v Illyricum Sacr. Tom. IV, str. 113, torej eno leto po smrti G. B. V., zaradi česar ni mogel bilti odstavljen skupaj z bratom P. P. leta 1548, kot navaja Ughelli, kajti G. B. V. je umrl eno leto pred odstavitvijo brata P. P. leta 1549. Odstavljenega škofa G. B. V. na begu v Ženevo, je z istimi besedami opisal tudi M. Gio. Domenico Juras, naslednik puljskega škofa v svojem prvem pastirskem pismu. To dokazuje, da tudi ljudje obdarjeni z darovi in naukom, kot omenjeni škof, brez premisleka in slepo prevzamejo tuje napake. Nikoli ni bil osumljen luteranstva, ne obsojen za krivoverstvo, razen v delih sokrajana Girolama Muzia v Vergerianah in v Katoliških spisih.
Izbrana bibliografija:
Vergerio, Giovanni Battista: Espositione et paraphrasi sopra il salmo CXIX, Basel, per Jakob Kündig, 1550.
Vergerio, Giovanni Battista: Mercurius triceps, id est de Triplici via perveniendi ad facultatem exponendi, loquendi et componendi italica. Opus novum editum et compositum in gratiam studiosorum civium almae Academiae chiloniensis a Johanne de Vergerio… – “Au fol.” [“1”] : Aequo ac benevolo lectori… Jo. Burch. Majus, sumptibus J. S. Riechelii, typ. B. Reutheri, 1702.
Stancovich, P.: Biografia degli uomini distinti dell’Istria, Trieste 1828, str. 294-348.