Rodil se je kot tretji od osmih otrok kmetu Andreju Trdini v njegovem drugem zakonu z Marijo Kcel. Po osnovni šoli v Mengšu, kjer je bil odličnjak, skoraj vedno vpisan v zlato knjigo, je v letih 1840–1850 obiskoval normalko in gimnazijo v Ljubljani ter nato odšel na Dunaj študiral zgodovino, zemljepis in klasično jezikoslovje. Dunajsko obdobje (1850–1853) pomeni tudi pravi začetek njegovega pisateljevanja (Arov in Zman, Pripovedka od zlate hruške, Pripovedka od Glasan-Boga idr.). Leta 1853 se je Janez Trdina zaposlil kot profesor na gimnaziji v Varaždinu, leta 1855 pa je nastopil novo profesorsko službo na gimnaziji na Reki, kjer je ostal do upokojitve leta 1866. Zaradi narodnoprebudnega delovanja in neskritega sovraštva do politike tujcev se je po letu 1861 zapletel v težave z novim ravnateljem reške gimnazije Antunom Mažuranićem ter z reškimi oblastmi in bil pri sedemintridesetih letih predčasno upokojen. Leta 1867 se je naselil v Bršljinu pri Novem mestu, pri gostilničarju Florijanu Virku, nato pa zamenjal več bivališč v Novem mestu. Nazadnje, od leta 1882, je živel v Streliški ulici, kjer se je drugič poročil, in sicer z vdovo, krčmarico Uršo Jerman, hišo po njeni smrti podedoval in leta 1905 v njej tudi umrl (prvič se je nepremišljeno oženil v Ljubljani leta 1859, a so mu obe hčerki in žena kmalu umrle). Njegov grob se nahaja na pokopališču v Ločni v Novem mestu, kamor je bil prekopan s starega novomeškega pokopališča pri današnji pošti.
Pisatelj je bil znan tudi po tem, da se ni pustil fotografirati in tako je edina njegova fotografija nastala šele dober mesec pred njegovo smrtjo, na praznovanju njegovega 75. rojstnega dne kar v novomeški Tučkovi gostilni, kjer ga je v naglici na vizitko narisal tudi slikar Ivan Vavpotič.
Janez Trdina je na svojih pešpoteh po Dolenjski in Beli krajini, zlasti po Gorjancih, zbral ogromno novega gradiva o ljudskem življenju, delu, verovanju, šegah in navadah. Dolenjska mu je predstavljala vzor slovenske samobitnosti in, kot je sam zapisal, ga je tja prignala predvsem želja, da bi v tej glavni in najčvrstejši koreniki slovenstva študiral našo narodnost in značaj. Vse to je kasneje uporabil v svojih delih – povestih, črticah in bajkah, ki jih je objavljal v Ljubljanskem zvonu, Sloveniji, Slovenski bčeli, Ljubljanskem časniku idr. Dragoceni so tudi njegovi zapiski iz obdobja 1870–1879 v 27 zvezkih, kje piše o tedanjih socialno družbenih razmerah v Novem mestu in okolici.
Razvil je visoko stopnjo folklorne proze, zlasti v Bajkah in povestih o Gorjancih (Ljubljanski zvon, 1882–1888), posegal pa je tudi po zgodovinski snovi (Zgodovina slovenskega naroda, 1866). V folklorno obarvano pripovedništvo je vpletal kritiko družbenih razmer in obravnaval človeške slabosti. Pisal je zelo lep, ljudski jezik, tako da ga je Ivan Cankar označil za najboljšega stilista svoje dobe. Trdinovo Zbrano delo obsega dvanajst knjig, ki jih je opremil urednik Janez Logar s temeljitimi, izčrpnimi opombami in tako opravil delo, ki ga je pred njim pripravljal, a ne dokončal trdinoslovec Alojz Turk, ki je zbral dobršen del Trdinove rokopisne zapuščine, hranjene v prepisih in izvirnikih v Knjižnici Mirana Jarca Novo mesto.
V spomin na Janeza Trdino je bil na pobudo naravoslovca Ferdinanda Seidla na slovesnosti 15. avgusta 1923 najvišji vrh Gorjancev poimenovan Trdinov vrh. Po njem se mdr. imenujeta tudi nagrada Mestne občine Novo mesto, ki se podeljuje občanom za pomembnejše trajne dosežke na kulturnem, izobraževalnem, literarnem in znanstvenem področju, ter ulica v Novem mestu.
Narodne pripovedke iz Bistriške doline, 1849–50
Pripovedka od Glasan-Boga, 1850
Pripovedka od zlate hruške, 1850
Arov in Zman, 1850
Pretres slovenskih pesnikov, 1850
Zgodovina slovenskega naroda, napisana 1850, izšla 1866
Kranjci na Hraškem, 1860
Spomini, napisani 1867–68, izšli 1946 in 1948
Sprehod v Belo krajino, napisano 1873, izšlo 1912
Verske bajke na Dolenjskem, 1881
Bajke in povesti o Gorjancih, 1882–1888
Vinska modrost, 1884–85
Dolenjci, 1884
Hrvaški spomini, 1885–87
Bachovi huzarji in Iliri, 1903
Dve ljubici, 1905
Moje življenje, 1905–06
Zbrani spisi I–X, 1903–12
Zbrano delo I–XII, 1946–59
Podobe prednikov: Zapiski Janeza Trdine iz obdobja 1870–1879, izšlo 1987
Enciklopedija Slovenije: zv. 13: Š-T. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1999, str. 319–321.
Iz dolenjske preteklosti: ob stoletnici rojstva Karla Bačerja. Novo mesto: Knjižnica Mirana Jarca, 2017.
Janez Trdina med zgodovino, narodopisjem in literaturo. Novo mesto: Goga, Ljubljana: Založba ZRC SAZU, 2005.
Schmidt, G. Kratek pregled življenja in dela Janeza Trdine. Če ni lačen, je pa žejen: izbrana proza. Ljubljana: Mladinska knjiga, 2003, str. 283–317.
Slovenska književnost. Ljubljana: Cankarjeva založba, 1996, str. 476–477.