Otroštvo je preživljal v Združenih državah Amerike (South Bend v Indiani), kamor je odšel njegov oče za boljšim zaslužkom. Tam je obiskoval osnovno šolo do leta 1920, nakar so se vrnili v domovino in se nastanili v Bratoncih. Osnovno šolo je dokončal v Beltincih, zatem pa obiskoval realno gimnazijo v Murski Soboti, in sicer sedem razredov, osmega pa je z maturo opravil v Ljubljani leta 1931. Naslednjega leta je vstopil v mariborsko bogoslovje in bil že leta 1935 ordiniran. Zatem je eno leto kaplanoval v župniji Prevalje in eno leto pri Sv. Juriju ob Taboru, v letih 1938-1940 pa služboval kot izseljeniški duhovnik za prekmurske sezonske delavce v Vojvodini in Nemčiji. Po vrnitvi je prevzel kaplansko službo v Slovenskih Konjicah. Leta 1941 so ga Nemci zaprli (Maribor, Rajhenburg, Zagreb). Po izpustitvi je moral, kot drugi mladi prekmurski duhovniki, službovati v notranjosti Madžarske. Najprej je eno leto (1941-1942) kaplanoval v Alsóságu, nato eno leto v Karakóju in še dve v Szepetneku. Po koncu vojne, sredi leta 1945, se je vrnil v Slovenske Konjice. Tega leta je postal župnijski upravitelj župnije Kebelj na Pohorju, kjer je ostal do poletja 1959. V tem času, od decembra 1949 do marca 1953, je bil znova zaprt, kar mu je trajno načelo zdravje. Tudi zaradi tega je ostala njegova disertacija v predalu (objavljena leta 1979 kot Prekmurski del beksinskega arhidiakonata do leta 1400 v zagrebški publikaciji Croatica christiana periodica III). Leta 1959 je bil imenovan za župnijskega upravitelja in župnika v Radljah ob Dravi in za dekana vuzeniške dekanije. Delo je opravljal do leta 1976, ko se je upokojil in se naselil v Radljah v domu, ki sta si ga zgradila s sestro. Kolikor mu je zdravje dopuščalo, se je posvečal znanstvenemu delu, kar mu je bilo tudi sicer blizu vse življenje. Z veliko mero zanimanja in razgledanosti se je posvečal raziskovalnemu in publicističnemu delu ter skušal osvetljevati pretekla dogajanja rodnega Prekmurja, sezonstvo in misijonarje, posegal pa je tudi na področje splošne, slovstvene in cerkvene zgodovine. Pokopan je v Bratoncih.
Družba sv. Mohorja in Slovenska krajina. Celje: Mohorjeva družba, 1937.
Zapojmo Gospodu! Celje, 1940 – pesmarica
Bibliografija prekmurskih tiskov od 1715 do 1919. Ljubljana: SAZU, 1978.
Novak, V. Znanstveno delo Ivana Škafarja. Zgodovinski časopis, 1983, let. 37, št. 4, str. 340-341.
Šebjanič, F. Ivan Škafar 1912-1983. Kronika: časopis za slovensko krajevno zgodovino 1983, let. 31, št. 1, str. 74.
Ožinger, A. Ivan Škafar. Časopis za zgodovino in narodopisje, 1984, let. 20, št. 55, str. 164-166.
Novak, V. Spomin na dva prijatelja. Stopinje, 1987, let. 16, 141- 143.
Novak, V. Življenje in delo Ivana Škafarja. V: Novak, V. (ur.). Ivanu Škafarju v spomin: ob 20-letnici smrti duhovnika in zgodovinarja. Maribor: Postulatura, 2004, str. 107-120.