V družini Rafaela Premrla in Alojzije, rojene Novljan, je bilo pet otrok. Kar dva, Rafko in Stanko, sta bila duhovnika, prav tako kot njuna strica, vipavski dekan Matija Erjavec in Stanko Premrl, duhovnik in skladatelj, sicer doma iz Podnanosa. Rafko je po končani osnovni šoli v Vipavi odšel na slovensko gimnazijo v Šentvid nad Ljubljano, nato pa je šolanje nadaljeval v goriškem bogoslovnem semenišču. Vendar se tam ni znašel in je že v drugem letniku odšel na teološko fakulteto v Innsbruck. Leta 1927 pa je v iskanju svojega življenjskega poklica odšel na Dunaj na Visoko šolo za svetovno trgovino. A že leta 1928 se je vrnil v Gorico, dokončal bogoslovne študije in bil leta 1930 posvečen. Najprej je bil za kaplana v Cerknem (1930–32), nato v Žabnicah, kamor spadajo tudi Višarje, Ukve in Ovčja ves (1932–40). Obnovil je romarsko cerkev na Višarjah in poklical slikarja Toneta Kralja, da jo je poslikal. Ker je ljudi spodbujal v slovenskem duhu, ki pa mu takratni čas tik pred drugo svetovno vojno ni bil naklonjen, je moral oditi za vikarja v Poljane pri Opatiji (1940–43). Zaradi njegovega iskrenega narodnega delovanja so ga aretirali in kot političnega interniranca poslali v taborišče Dachau.
Po koncu vojne se je iz taborišča vrnil v Ljubljano in nato v Gorico, vendar ni mogel nikjer dobiti nobene cerkvene službe, zato je živel pri svojem bratu Stanku v župnišču v Štmavru. Ker mu škof ni dodelil nobene župnije, se je vpisal na Univerzo v Trstu in leta 1956 zaključil študij političnih ved, matematike in zemljepisa ter postal redni profesor v Vidmu in Gorici. Za dijake je napisal kar dva učbenika, in sicer Zgodovina novega veka in Stavkoslovje– določene glagolske oblike.
Leta 1971 pa mu je škof le ponudil mesto župnika v Štmavru, saj je tamkajšnji župnik odšel v Pevmo. Rafko Premrl je ponudbo sprejel. Umrl je v Gorici, pokopan pa je v družinskem grobu na pokopališču v Vipavi.
Življenjska pot Rafka Premrla. Gorica, 2007.
Primorski slovenski biografski leksikon: 12. snopič. Gorica, 1986, str. 86–87.
Duhovniki iz Vipave. Vipava, 2018, str. 28–33.