Otroštvo je preživljal v rodnem Novem mestu, kjer je bil njegov oče zaposlen kot sodni uradnik. V Mariboru, kamor se je preselil k sorodnikom po očetovi strani, je obiskoval klasično gimnazijo. V Ljubljani je pričel leta 1925 študirati fiziko, kemijo in matematiko, a je študij kmalu opustil. Z denarjem, ki si ga je poleti kot natakar prislužil na Hvaru, se je odpravil v Hamburg na ure plesa k plesnemu učitelju Rudolfu von Lebnu, kjer je spoznal svojo bodočo plesno in zakonsko družico Pio Scholz, por. Mlakar. Skupaj sta v letih 1928 in 1928 študirala na Labanovem Koreografskem inštitutu v Berlinu.
S Pio sta umetniško delovala skupaj, najprej kot plesalca v Darmstadtu (1929), v letih 1930–1934 sta bila solista in koreografa v Dessauu, nato pa solista, koreografa in vodji baleta v Zürichu (1934–1938) in Münchnu (1939–1943, 1952–1954). V Ljubljani je bil Mlakar med letoma 1946 in 1952 ter od 1954 do 1960 koreograf in sprva tudi solist Opere in baleta Slovenskega narodnega gledališča, v letih od 1947 do 1952 ter od 1954 do 1970 profesor na Akademiji za gledališče, radio, film in televizijo, med letoma 1948 in 1952 pa je bil tudi ravnatelj Državne nižje baletne šole.
Že v času med obema svetovnima vojnama sta s Pio nastopala na plesnih koncertih v Ljubljani, Zagrebu, Beogradu, Mariboru, Skopju, Pragi in Zürichu ter kot gosta koreografirala v Ljubljani, Beogradu in Zagrebu, po letu 1945 pa sta kot plesalca gostovala v Zagrebu, Beogradu, Münchnu, Zürichu ter kot koreografa v Beogradu, Zagrebu, Bayreuthu, Skopju, Sarajevu in Novem Sadu. Med dvanajstletnim delom v Ljubljani sta skupaj prispevala k razvoju slovenske baletne umetnosti s širitvijo repertoarja in s poklicno vzgojo plesalcev in plesalk. Kot plesalca sta se odlikovala z veliko ubranostjo pri plesu in z občutkom za povezovanje glasbe s plesom, kar je odsevalo tudi v njunem koreografskem delu. S številnimi študijskimi potovanji po Jugoslaviji sta razvila poseben smisel za balet na folklorni podlagi (F. Lhotka: Vrag na vasi, S. Hristić: Ohridska legenda, V. Ukmar: Lepa Vida, J. Gotovac: Simfonično kolo, M. Kozina: Diptihon). Kot plesalca sta nastopala zgolj v baletih in plesih, ki sta jih sama koreografirala. Koreografsko predstavlja Lhotkov Lok njuno življenjsko izpoved in najbolj uspelo plesno stvaritev. Ustvarila sta deset celovečernih in trideset krajših baletov, koreografirala pa tudi razne baletne vložke v dramskih in opernih predstavah. Z ljubljanskim baletnim ansamblom sta posnela plesni film Ples čarovnic skladatelja Blaža Arniča. Za nekatere svoje balete sta napisala tudi scenarije.
Pino Mlakar je napisal več knjig; skupaj s Pio sta za svoje delo prejela številna priznanja. Bila sta trikratna prejemnika Prešernove nagrade, častna občana Novega mesta in Ljubljane, za izjemne dolgoletne zasluge in osebni prispevek v slovenski gledališki kulturi pa sta bila odlikovana s srebrnim častnim znakom svobode Republike Slovenije. Po umiku iz plesnega življenja sta veliko potovala in jadrala, živela pa sta na plesni domačiji v leseni hiši pod slamnato streho, ki sta jo poimenovala Pas de deux (Korak v dvoje) na bregu Krke v Ločni pri Novem mestu.
Dela (skupaj s Pio Mlakar, izbor):
Mlada pota (plesni koncert), 1932
Puppenfee (balet), 1933
Ples sedmih tenčic, 1933
Vrag na vasi (celovečerni balet), 1935
Legenda o Jožefu, 1935
Till Eulenspiegl, 1935
Prometejeva bitja, 1938
Lok (plesna stvaritev v treh delih), 1939
Knjige:
Unsterblicher Theatertanz: 300 Jahre Ballettgeschichte der Oper in München, 1992–1996
Ples kot umetnost in gledališče, 1999
Srečne zgodbe bolečine, 2005
Nagrade (skupaj s Pio Mlakar):
Prešernova nagrada, 1949 (za Dvořákov balet Cekin ali gosli in Soročinski sejem)
Prešernova nagrada, 1951 (za izvirne koreografije v letu 1950)
Prešernova nagrada, 1972 (za življenjsko delo na področju plesne umetnosti)
častna občanka Novega mesta, 1990
častna občanka Ljubljane, 1997
srebrni častni znak svobode Republike Slovenije (za izjemne dolgoletne zasluge in osebni prispevek v slovenski gledališki kulturi), 1996
Enciklopedija Slovenije: zv. 7: Marin-Nor. Ljubljana: Mladinska knjiga, 1993, str. 187–188.
Humer, J. Pomenki pri Pii in Pinu Mlakarju. Rast: revija za literaturo, kulturo in družbena vprašanja, junij 1991, let. 2, št. 2, str. 150–165.
Markelj, M. Pino Mlakar (1907–2006). Dolenjski list, 5. 10. 2006, let. 57, št. 40, str. 3.
Pino Mlakar baletnik: intervju. Park: novomeški mladinski časopis, november 2001, let. 5, št. 3, str. 8.