Odraščal je v učiteljski družini, vzgajan v narodnem duhu in naprednih nazorov. Obiskoval je ljubljansko klasično gimnazijo, nato pa študiral najprej v Ljubljani in nato v Zagrebu leta 1939 promoviral medicino. Leta 1950 se je specializiral v Ljubljani in nato še v Zürichu, Baslu in Bernu. Vojsko je, že kot zdravnik, služil še v stari Jugoslaviji, na gorskih mejah z Italijo. Druga svetovna vojna ga je zajela v Ljubljani, kjer je že služboval v tedanji ljubljanski splošni bolnišnici. Kot odličen in nadarjen pevec pa je v decembru leta 1941 nastopil na znamenitem koncertu Akademskega pevskega zbora pod vodstvom Franceta Marolta v Unionski dvorani, na zadnjem koncertu pred kulturnim molkom. Tega dogodka se še danes spominjamo kot pomembnega izraza kulturnega upora proti okupatorju, ki je koncert prepovedal, a je tonski tehnik Rudi Omota vendarle uspel nekaj pesmi posneti preko mikrofona, skritega v lestencu dvorane.
V začetnem obdobju vojne je dr. Mahkota v Ljubljani skrbel za ranjene ilegalce in partizane, a je bil izdan in nato zajet od okupatorskih oblasti. Najprej je bil zaprt v italijanskem zaporu, po kapitulaciji Italije leta 1943 pa predan Nemcem, ki so ga internirali najprej v koncentracijsko taborišče Dachau, nato pa Buchenwald, kjer je dočakal konec vojne in se šele v juliju 1945 uspel vrniti v domovino. Mnoge zgodbe tega obdobja in dogodki, povezani z dr. Mahkoto, so zapisani v številnih pričevanjih naših internirancev, pa tudi v spominih naših literatov ( Torkar, Kozak…). Vsa povojna leta je bil član združenj internirancev iz Dachaua in Buchenwalda in je tudi sodeloval pri izdaji zbornikov oz. knjig.
Od leta 1945 je delal na Interni kliniki in se v celoti posvetil razvoju interne medicine, tako v kliničnem, pedagoškem in znanstvenem pogledu. Kot zadnji »polihistor interne medicine« ( kot so ga ob slovesu poimenovali kolegi), je bil od 1964. do 1976. leta (ko se je upokojil) predstojnik Interne klinike v Ljubljani. Kot redni profesor (od 1968) na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani je bil priljubljen učitelj interne medicine, svoja znanstvena prizadevanja pa je usmeril zlasti v področje endokrinologije in diabetologije. Bil je mentor številnim doktorandom. Objavil je nad 130 strokovnih, znanstvenih in poljudnoznanstvenih del. Aktivno je sodeloval na številnih internističnih in endokrinoloških domačih in tujih simpozijih in kongresih. Bil je tudi pobudnik »Tavčarjevih dnevov«, kot vsakoletnega izobraževalnega srečanja slovenskih zdravnikov. Ob vsem omenjenem zahtevnem delu pa mu je bilo v posebno veselje urejanje Zdravstvenega vestnika, katerega glavni in odgovorni urednik je bil v letih 1967-80. Bil je tudi član uredniških odborov revij Medicinski Glasnik in Pro Medico.
Od leta 1954 je bil član zdravniške ekipe, ki je redno pregledovala predsednika Josipa Broza Tita v Ljubljani. Od 1965. leta ga je spremljal na njegovih potovanjih po svetu in od 1971. leta je bil član zdravniškega konzilija, tudi ob maršalovem umiranju v ljubljanskem kliničnem centru od januarja do 4. maja 1980.
Kot bi bilo naključje, pa je dan pred njegovo smrtjo, po krajši bolezni svoje življenje v 91. letu sklenila tudi njegova soproga, ravno tako zdravnica (specialistka za krvne bolezni), dr. Jelena Mulaček Mahkota, s katero sta živela skupaj vse od leta 1948.
Za vse, kar je dr. Mahkota prispeval k razvoju interne medicine na Slovenskem, je prejel tudi najvišja državna odlikovanja že v Jugoslaviji (red zaslug za narod 3. razreda-1951; red dela 2. razreda-1957; red zaslug za narod s srebrno zvezdo-1963; red republike s srebrnim vencem-1971 ter red zaslug za narod z zlato zvezdo-1976) in nazadnje v samostojni Sloveniji leta 1995 Srebrni častni znak svobode Republike Slovenije. Univerza v Ljubljani mu je leta 1979 podelila najvišji naslov, »zaslužni profesor«.
A. Mahkota: Prof. dr. Stanislav Mahkota – nekrolog, Svobodna misel 22.10.2010, str. 29
Osebnosti od M do Ž, Ljubljana 2008, str. 650
B. Leskovic: Prof. dr. Stanislav Mahkota – 90 letnik, Zbornik predavanj, Ljubljana, 3. in 4.oktober 2003. – Ljubljana, str. 11-12
Z. Zupanič Slavec: Mahkota, Stanislav, sl. zdravnik internist, Veliki splošni leksikon, Ljubljana, 1997-1998, str. 2429
M. Kališnik: Zaslužni profesor doktor Stanislav Mahkota – osemdesetletnik, Zdravniški vestnik 1993, št. 7/8, str.293
A. Bručan: Stanislav Mahkota osemdesetletnik, Delo 1993, št.173 (29.VII.), str.2