Rojen je bil 28. julija 1925 v Ljubljani očetu zdravniku in slikarju Robertu Hlavatyju in materi Erni Vizjak. Oče, katerega rod izhaja iz Češke, je tisti čas v Ljubljani študiral medicino, po zaključenem študiju pa se je z družino vrnil v rodni Trst. Družina je kasneje zaradi fašističnega nasilja odšla nazaj v Ljubljano, kjer je Zdenko obiskoval osnovno šolo in gimnazijo, iz katere so ga v času vojne izključili.
Po italijanski okupaciji je leta 1941 kot petnajstleten odšel k partizanom. Po nemški zasedbi, leta 1943, se je pri Trebnjem pridružil Cankarjevi brigadi. Sprva je bil borec, kasneje pa je bil na osvobojenem ozemlju v Beli krajini štabni poročevalec. Tri mesece pred koncem vojne je šel za dve leti v Sovjetsko zvezo, na vojaško šolo Harkov v Ukrajini, kjer je postal letalski inženir. Po vrnitvi v domovino je nastopil prvo službo na vojaškem letališču v Somboru kot inženir eskadrilje. Kmalu zatem se je v pilotski šoli v Pančevu izšolal še za lovskega pilota, na vojaški akademiji v Mostarju pa za inštruktorja letenja. Po izbruhu informbiroja so ga leta 1951 zaprli in poslali v taborišče na otok Grgur pri Golem otoku, kjer je preživel dve leti.
Po demobilizaciji je najprej v Kopru končal gimnazijo in se v Ljubljani vpisal na študij arhitekture. Ko je novomeški farmacevt Boris Andrijanič zbiral ekipo, ki bo postavila farmacevtsko tovarno, je prišel v Novo mesto.
Hlavaty je projektant večine objektov novomeške tovarne zdravil Krka od njenih začetkov pa do sredine devetdesetih let. Projektiral je obrata fermentacije in galenike, inštitut, tabletni obrat in skladišča. Poleg tega je prek Krkinega biroja ali industrijskega biroja Ljubljana projektiral številne stanovanjske objekte in bloke v Ljubljani, Šentjerneju, Žužemberku, Kočevju in Trebnjem. V Trebnjem je projektiral tudi tovarno Ona-On in zdravstveni dom, v Nerezinah na otoku Lošinj del počitniškega naselja, izdelal je načrte za adaptacijo zdravilišč v Dolenjskih in Šmarjeških Toplicah ter v Strunjanu. Portoroško mednarodno letališče z vzletno-pristajalno stezo je njegov najpomembnejši projekt. Izdelal pa je tudi načrte za novomeško letališče v Prečni in dolenjski smučarski center na Gačah.
Hlavaty je bil aktiven na številnih področjih tudi po upokojitvi leta 1991. Bil je letalec, smučar, promotor dolenjskega turizma, po očetu pa je podedoval tudi slikarsko žilico. Svoja likovna dela, pretežno akvarele slovenske krajine, je razstavljal v Beogradu, v Folgaridi v Trentu, na Opčinah, na Bazi 20 in v Novem mestu. Leta 2010 je zaključil magistrski študij na ljubljanski Fakulteti za arhitekturo z obsežnim delom Revitalizacija kulturne krajine Kočevskega roga.
Umrl je 4. oktobra 2018, pokopan je na novomeškem pokopališču v Srebrničah.
- Dolenjski list, 24. junij 1971, str. 16
- https://www.dolenjskilist.si/2008/02/22/958/reportaze_in_zanimivosti/clanek/Jabolko_ni_padlo_dalec_od_drevesa/
- Dolenjski list, 30. julij 2015, str. 16
- Dobro jutro, 7. april 2007, str. 36