Rodil se je v kmečki družini v Borštu pri Dolini v Trstu očetu Blažu, kovaču in cerkovniku ter materi Mariji Petaros, gospodinji. Osnovno šolo je obiskoval v Povirju pri Sežani. Gimnazijo je obiskoval v Pazinu in v Trstu, nato je vstopil v goriško semenišče. Študij teologije je nadaljeval na dunajskemu Augustineumu, kjer je doktoriral. Dne 17.8.1852 je prejel mašniško posvečenje v cerkvi sv. Justa v Trstu, prvo mašo je daroval v župnijski cerkvi v rodni vasi. Deloval je kot duhovni pomočnik »koordinator« v mnogih krajih Istre dokler ga ni leta 1854 škof Jernej Legat imenoval za svojega kaplana in tajnika, kasneje pa za župnika pri Starem sv. Antonu v Trstu. Leta 1878 je bil imenovan za škofa poreško-puljske škofije, kjer je škofoval do leta 1882. Po smrti škofa Dobrile je bil imenovan 19. 3.1882 za škofa tržaško-koprske škofije. Na tem mestu je ostal dokler mu niso sovražni Italijani s svojimi napadi pokvarili zdravja; radi tega je oslabel in se v želji po miru odpovedal vodenju škofije. Papež Leon XIII. ga je leto pozneje imenoval za naslovnega škofa Teodozijanskega, leta 1896 pa je bil imenovan za naslovnega nadškofa Peluzijskega. Zadnja leta je živel odmaknjeno in umirjeno v Škednju med domačini, katerim je bil pravi oče in svetovalec v vseh potrebah.Nadškof Glavina je umrl po večletni želodčni bolezni. Pokopan je v kapucinski cerkvi v Trstu zraven škofa Legata.
Glavina je veliko skrbel za vzgojo duhovniškega naraščaja. Še kot poreški škof je ustanovil v Kopru malo semenišče za italijanske dijake, kot tržaško-koprski pa je leta 1883 ustanovil škofijski konvikt na griču sv. Justa v Trstu za slovenske in hrvaške dijake. Zaradi tega je prišel v neprilike z italijanskimi iredentističnimi političnimi strankami. V Trstu je trpel veliko zaradi nasprotovanja italijanskih nacionalistov, ki so ga napadali v časopisju, uprizarjali demonstracije proti njemu ter metali za njim kamenje zlasti na poti iz škofije v stolnico. Na škofijskem dvorišču so leta 1891 nastavili celo bombo (petardo), ki pa na srečo ni eksplodirala. Glavina je težko zbolel. Zdravil se je v Karlovih Varih. Tam je v časopisih povabil češke dijake in bogoslovce, naj pridejo v tržaško škofijo. Odzvalo se jih je veliko in bili so v veliko pomoč Cerkvi na Tržaškem in v Istri. Za duhovnike je vpeljal duhovne vaje in obnove v škofijskem konviktu. Takoj po prihodu v Trst je obnovil Škofijski list (Folium Dioecesanum), ki je bil leta 1875 prenehal izhajati. Za versko vzgojo ljudstva si je prizadeval zlasti z lepimi in vsebinsko bogatimi pastirskimi listi. Opozarjal je na pogubno delovanje prostozidarjev (framasonov), ki so bili v Trstu zelo dejavni in so si v svoji proticerkveni gonji za tarčo izbrali prav škofa. G. pa se je trudil, da bi pravično ravnal z vsemi dejavniki v škofiji. Bil je velik škof, ki je grenko občutil vso težo škofovanja v času prebujenja skrajnih nacionalističnih teženj, ko je po letu 1870 tudi Cerkev v Trstu postala tarča javnih napadov in obrekovanja. Leta 1886, ob 50-letnici mašniškega posvečenja papeža Leona XIII. je G. vodil prvo veliko romanje tržaško-koprske škofije v Rim. Ustanovil je Vincencijevo konferenco v Trstu za pomoč potrebnim. Leta 1890 je dal pobudo za gradnjo nove velike cerkve sv. Vincencija Pavelskega v tržaškem predmestju, ki je bila končana šele po njegovi smrti, leta 1905 jo je posvetil škof Franc Nagl.
M. Novach, Notizie storiche sui seminari di Capodistria, Trieste e Parenzo, Capodistria 1927.
B. Milanović, Hrvatski narodni preporod u Istri, Pazin 1973.
R. Ritzler – P. Sefrin, Hierarchia catholica medii et recentioris aevi, 8 (1846–1903), Patavii 1978.
P. Zovatto, Ricerche storico-religiose su Trieste, Trieste 1984.
P. Zovatto, Istria religiosa, Trieste 1989.
“Glavina, Ivan Nepomuk”, v: Primorski biografski leksikon, 1. zv., Gorica 1974, str. 424.
“Glavina, Ivan Nepomuk”, v: Istarska enciklopedija (URL naslov): istra.lzmk.hr/clanak.aspx.